NeHIR, DoTBAr and DENIZ: Three biological databases established at Fatih University in Istanbul, Turkey

Abstract

NeHIR, DoTBAr VE DENİZ: FATİH ÜNİVERSİTESİ, İSTANBUL, TÜRKİYE'DE KURULAN ÜÇ BİYOLOJİK VERİTABANI Resul İbrahim GÜLEN Yüksek Lisans tezi - Biology Temmuz 2003 Tez Yöneticisi: Yrd. Doç. Dr. Ghazi O. Tadmouri ÖZET Biyolojik bilimler özellikle iki yeni bilim dalı olan genomiks ve proteomiks kaynaklı çok çeşit ve miktarda veri üretir. Üretilen, sınıflandırılan ve depolanan bu çok yoğun bilgiler, son zamanlarda veritabanı teknolojisinin ana uygulamalarından biri olmuştur. Yeni bir bilim dalı olan ve bilgisayar destekli biyoloji diye de adlandırılan biyoinformatik, biyolojik bilimlerde bilgisayar uygulamalarının gerekliliğinin sonucu olarak doğmuştur. Bu çalışma kapsamında üç ayrı veritabanı kurmayı hedefledik: NeHIR, DoTBAr ve Deniz. Bunun için gerekli bilgiler bibliyografik veritabanlanndaki literatürü tarayarak toplandı. Toplanan bu veri, amaç ve yapılarına bağlı olarak veritabanlannda depolandı ve düzenlendi. Bu veritabanlannm her biri farklı açılardan kendisine özgü bir öneme sahiptir. NeHIR Doğu Akdeniz ve Yakın Doğu bölgelerindeki Neolitik arkeolojik alanlar ile ilgili ender veri kaynaklarından biridir. DoTBAr Türkiye'deki biyomedikal araştırmalar hakkında kantitatif ve kalitatif detaylar sunar. 1986 dan beri biyomedikal araştırmalarda Türkiye'deki tüm şehirlerde devameden bir büyüme söz konusudur. Fakat Türkiye'den yayınlanan makalelerin adresleri istatistik! analizler için engel teşkil eden hatalar ve tutarsızlıklar içermektedir. DotBAr dan elde edilen veriler ışığında Türkiye'deki biyomedikal makale üretimindeki en aktif şehir Ankaradır. Deniz p-talaseminin popülasyon genetiği ve az araştırma yapılmış ülkelerde görülmesi muhtemel allellere ilişkin veriler sunar. Deniz, tammlanmış olan 219 p-talasemi mutasyonunun dünya frekanslarını kataloglamaktadır. Deniz' de depolanan veri, P-talaseminin dünya toplumları genelinde popülasyon genetiği için kullamlabilir.VI Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Veritabanı, Neolitik Çağ, Bibliyometri, 0- talasemi, p-globin, Popülasyon Genetiği.

m NeHIR, DoTBAr, AND DENIZ: THREE BIOLOGICAL DATABASES ESTABLISHED AT FATffl UNIVERSITY IN ISTANBUL, TURKEY Resul İbrahim GÜLEN M. S. Thesis - Biology July 2003 Supervisor: Assistant Prof. Ghazi O. Tadmouri ABSTRACT Biological sciences produce a large variety and amount of information especially from the two novel fields of genomics and proteomics. This affluence of data that has been produced, classified, and stored has only recently become a major application of database technology. The new science of bioinformatics, also known as computational biology, was born as a result of the necessity for computer applications in biological sciences. Within the framework of this study, we aimed at establishing three separate database systems: NeHIR, DoTBAr, and Deniz. For this purpose, required information was collected via literature reviews on bibliographic databases. Collected data were entered to databases, stored, and reorganized according to their own purposes and structures. Each of the three established databases has its own importance in different aspects: NeHIR is a unique source of information regarding Neolithic archeological sites in the Levant and Near East. DoTBAr provides detailed quantitative and qualitative data related to biomedical research in Turkey. Since 1986, a continuous growth in biomedical research has been observed in all cities in Turkey. However, biomedical citation addresses from Turkey contain some errors and inconsistencies which cause pitfalls in statistical analyses. Data extracted from the DoTBAr database indicate that the most active city in biomedical citation production in Turkey is Ankara. Deniz supplies important data about the world population genetics of p-thalassemia and indications on the possible presence of some alleles in countries for which data is not available. The Deniz database catalogues the world frequencies of 219 identified mutation types for p-thalassemia. Data extracted from Deniz may be used to access the global population genetics of P-thalassemiaIV Keywords: Bioinformatics, Database, Neolithic Era, Population Genetics, Bibliometry, P-thalassemia, P-globin.