Dna sequence analysis of the caga 3` gene of helicobacter pylori strains in turkey

Abstract

Günümüzde, mide biopsilerinde bulunan Helicobacter pylori suşlarınıngenotiplendirilmesi için kullanılan multipleks PZR yöntemiyle şu zamana kadar farklılıkarz eden sonuçlar elde edilmiştir (kaynatma yöntemiyle DNA ve PZR ürünü eldeedilmesi, farklı uzunluklarda PZR ürünleri ve delesyonların bulunması, farklıyoğunluklarda PZR ürün bantlarının tespit edilmesi). Bu çalışmayla, kullandığımıztekniğin cagA ve vacA genotiplerini belirlemede ve hastalık sonuçlarıylailişkilendirilmesinde ne derece faydalı olduğunu bulmayı amaçladık. Metod: 52hastadan izole edilen H. Pylori (35 duodenum ülseri (DÜ), 7 mide ülseri (MÜ), 10gastrit hastası) incelemeye tabi tutuldu. CLO ve PZR için her hastanın antrumundan 3adet biopsi alındı. CagA, vacA s1s2 ve m1m2 bölgelerine özel 3 set primer kullanılarakmultipleks PZR yapıldı. Sonuç: Kaynatma yöntemiyle hiçbir PZR ürünü eldeedilemediği için QIAamp kiti kullanılarak DNA izolasyonu yapıldı. Hastaların %84.6'sıH. pylori pozitif olarak tespit edildi (DÜ hastalarının %85.7'si, GÜ hastalarının %100'üve gastrit hastalarının %70'i). CagA geni DÜ hastalarının %86.6, GÜ hastalarının%71.4 ve gastrit hastalarının %57'sinde tespit edildi. VacA allelinin cagA pozitifsuşlarda görülme oranı ise şöyleydi: VacA s1m1 DÜ hastalarında %80.7 ve GÜhastalarında %60 oranında tespit edildi. Gastrit hastalarının %75'i ise s1m2 genotipinesahipti. H. pylori cagA pozitif vacA-s1m1 genotipi ile peptik ülser hastalıkları arasındaönemli bir ilişki bulunmaktadır. PZR ürün bantlarının uzunluklarında herhangi birfarklılık görülmemekle beraber bant yoğunlukları birbirinden farklıydı. 2 DÜ ve 1 GÜhastasının vacA m1 allelinde yaklaşık 420 baz çifti uzunluğunda, delesyona uğramışbölge saptandı. Multipleks PZR yöntemi çeşitli genlerin tek seferde hızlı ve etkili birşekilde belirlenmesinde kullanılan bir yöntem olmasına rağmen bu yöntemin H. Pylorigenotip analizinde optimize edilmesi gerekmektedir.Anahtar Kelimeler: Helicobacter pylori, cagA, vacA, duedonum ülseri, mide ülseri,gastrit, multipleks PZR.

Recent application of multiplex PCR for genotyping Helicobacter pylori strainsdirectly from biopsies revealed variable results (detection of amplicons from DNAextracted by boiling biopsies, variable size amplicons and deletions, uniform intensity ofamplicon bands). We aimed to look at how applicable the technique is for determiningcagA and vacA genotypes and to correlate the results with the severity of the disease.Method: H. pylori isolates from 52 patients (35 duodenal ulcer (DU), 7 gastric ulcer(GU) and 10 gastritis) were included .Three antral biopsies were obtained for CLO andPCR. Primers for cagA, vacA s1s2, and m1m2 alleles were used. Results: No PCRamplicons were obtained from boiling biopsies, thus DNA was extracted by QIAampkit. H. pylori was positive in 84.6% of the patients (85.7% DU, 100% GU, 70%gastritis). The cagA gene was detected in 86.6% DU, 71.4% GU and 57.0% gastritispatients. The vacA allele distribution among cagA-positive strains was 80.7% vacAs1m1 in DU and 60.0% in GU patients while gastritis patients showed 75.0% s1m2genotype. There was a significant correlation between H. pylori cagA+ vacA-s1m1genotype and peptic ulcers. No variability in the amplicon sizes was found and theintensity of the amplicon bands was not uniform. A deleted band of approximately420bp below the m1 band was detected in strains from 2 DU and 1 GU patient. Themultiplex PCR although rapid and an effective tool for detecting several genes in asingle step system one has to adjust for optimization of the technique when genotypingH. pylori direct from biopsies.Keywords: Helicobacter pylori, cagA, vacA, duodenal ulcer, gastric ulcer, gastritis,multiplex PCR.