Triflorotimin biyo-ajanının moleküler yapısının ve titreşim frekanslarının incelenmesi

Abstract

Bu tez çalışmasında, triflorotimin molekülünün deneysel ve teorik titreşim spektrumu araştırılmıştır. Katı fazdaki triflorotimin molekülünün FT-IR (400-4000 cm-1) ve µ-Raman (400-4000 cm-1) spektrumları kaydedilmiştir. Taban durum enerjisine sahip triflorotimin molekülünün geometrik parametreleri (bağ uzunlukları ve bağ açıları) ve titreşim frekansları 6-31++G(d,p) ve 6-311++G(d,p) temel setli Hartree-Fock ve yoğunluk fonksiyon teorisi kullanılarak Gaussian 03 programı ilk kez hesaplanmıştır. Optimize edilmiş geometrik parametreler ve hesaplanmış titreşim frekanslarının, ilgili deneysel verilerle ve literatür ile iyi bir uyum içinde olduğu görülmüştür. Titreşim frekansları VEDA 4 programı kullanılarak potansiyel enerji dağılımına göre atanmıştır. Moleküller arası hidrojen bağının titreşim frekanslarına etkisini incelemek için Triflorotimin molekülü dimerik formda modellenmiştir. Bunun sonucunda, N-H…O hidrojen bağları yüzünden, düzlem içi ve düzlem dışı bükülme modları yüksek frekanslara kayarken, gerilme modlarının düşük frekanslara kaydığı görülmüştür.

In the present work, the experimental and the theoretical vibrational spectra of trifluorothymine were investigated. The FT-IR (400–4000 cm−1) and μ-Raman spectra (100–4000 cm−1) of trifluorothymine in the solid phase were recorded. The geometric parameters (bond lengths and bond angles) and vibrational frequencies of the title molecule in the ground state were calculated using ab initio Hartree–Fock (HF) method and density functional theory (B3LYP) method with the 6-31++G(d,p) and 6-311++G(d,p) basis sets for the first time. The optimized geometric parameters and the theoretical vibrational frequencies were found to be in good agreement with the corresponding experimental data and with results found in the literature. Vibrational frequencies were assigned based on the potential energy distribution using the VEDA 4 program. The dimeric form of trifluorothymine was also simulated to evaluate the effect of intermolecular hydrogen bonding on the vibrational frequencies. It was observed that the stretching modes shifted to lower frequencies, while the in-plane and out-of-plane bending modes shifted to higher frequencies due to the intermolecular N–H⋯O hydrogen bonds.