Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Escherichia coli suşlarında metil patern farklılıklarının belirlenmesi

Abstract

ÖZET ÇEŞİTLİ KLİNİK ÖRNEKLERDEN İZOLE EDİLEN ESCHERICHIA COLI SUŞLARINDA METİL PATERN FARKLILIKLARININ ARAŞTIRILMASI DNA metilasyonu, restriksiyon/modifikasyon sistemi ve DNA tamir sistemim içermektedir. Restriksiyon enzimleri bakteri grupları arasında genetik alışverişin önlenmesinde rol oynar. Metil transferaz enzimleri prokaryotlarda hücre DNA' sının çeşitli restriksiyon enzimlerine karşı korunması, DNA replikasyonu sırasmda yanlış eşleşmelerin giderilmesinde görev almaktadır. Daha önce Salmonella typhimurium'la yapılmış çalışmalarda DNA adenin metilaz (Dam)'ın patojenitede rol oynadığı gösterilmiştir. Ek olarak Dam' in piyelonefritle bağlantılı pililerin operon ekspresyonunu regüle ettiği bilinmektedir. E. coli'de bulunan pililer, özellikle üst üriner sistem enfeksiyonunda virülansı etkilemektedir. Aşılar ve antimikrobiyaller için DNA adenin metilaz enzimleri potansiyel olarak mükemmel hedeflerdir. Belirgin mortalite ve morbidİteye neden olan patojenik bakterilere karşı yüksek oranda koruyuculuk özelliği gösterirler. DNA adenin metilasyonu infeksiyon sırasında eksprese olan genler için global regülatördür. Bu çalışmada üst üriner sistem enfeksiyonlarından elde edilen E. coli suşları ile yara enfeksiyonlarından elde edilen E. coli suşlarının genomik DNA metilasyon paternlerinde fark olup olmadığı araştırıldı. 30 idrar ve 30 yara örneği ile çalışıldı. Restiksiyon enzimleri ile kesim işlemi sonrası örnekler arasmda genomik DNA metilasyon patem farklılığı saptanmadı. Sonuçta DNA adenin metilaz enzimi bakteri virülansı için esansiyaldir. Bu enzim inhibitörleri de geniş antimikrobiyal spektruma sahip ilaç gelişiminde hedeftir. DNA metilasyonunun patogenezdekİ rolü belirlendikten sonra, enzimler üzerine yapılacak daha ayrıntılı çalışmalarla aşı ve antimikrobiyal gelişiminde yol gösterecek sonuçlara ulaşılabilecektir. Anahtar Sözcükler: DNA adenin metilasyonu, Escherichia coü iv

SUMMARY THE DETERMINATION OF METHYL PATTERN DIFFERENCES IN ESCHERICHIA COLI STRAINS ISOLATED FROM DIFFERENT CLINICAL SAMPLES DNA methylation includes, restriction/modification system and DNA repair system. Restriction enzymes plays a role in prevence of genetic transfer between the bacteria groups. Methyltransferase enzymes are used in prevention of cell DNA against several restriction enzymes and in removal of wrong couplation in DNA replication procaryotes. In previous studies with Salmonella typhimurium its shown that Dam plays a role in pathogenecity. Also its known that Dam regulates pyelonephritis-associated pili operon expressions. Pili of Escherichia coli affects the virulence especially in upper urinary system infections. In the present study, the difference between the genomic DNA methylation patterns of Escherichia coli strains isolated from upper urinary system infections and Escherichia coli strains isolated from wound infections. No difference between the genomic DNA methylation patterns were detected after the cutting process using restriction enzymes. They are highly protective against the pathogenic bacteria causing significant mortality and morbidity. DNA adenine methylation is global regulator for the genes expressed during the infections. In conclusion DNA adenine methylase enzymes is an essential factor for the bacterial virulence. Also the inhibitors of this enzymes are the promissing targets in the development of wide spectrum antimicrobial drugs. As role of DNA methylation in the pathogenesis is clarified, more accurate results would be obtained in the development of vaccines and antimicrobial agents by more detailed studies on the enzymes. Key Words: DNA adenine methylation, Escherichia coli