Türk populasyonunda NAT1 (N-asetiltransferaz tip1) lokusu polimorfizmi

Abstract

Ill ÖZET Yüksek Lisans Tezi Türk populasyonunda NAT1 (N-asetiltransferaz tip 1) Iokusu polimorfizmi ScrdalARSLAN Cumhuriyet Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı Danışman: Doç. Dr. Fevzi BARDAKÇI NAT (N-asetiltransferaz) enzimi için, NAT1 (N-asetiltransferaz tipi) ve NAT2 (N- asetiltransferaz tip2) olmak üzere asetiltransferaz aktivitesi gösteren sitozolik iki izoenzim bilinmektedir. NAT1 kromozomun 8p21.3 bölgesinde lokalize olmuş, 870 baz çifti uzunluğunda 290 aminoasitlik proteinleri oluşturan bir gendir. İnsan populasyonunda 25 NAT1 aleli bilinmektedir. NAT 1*4 yabani tiptir. Çalışmada PZR- RFLP (polimeraz zincir reaksiyonuna bağlı restiriksiyon uzunluk polimorfizmi) ve RZR-SSCP (polimeraz zincir reaksiyonuna bağlı tek zincir konformasyon polimorfizmi) metodlan kullanılarak, Türk populasyonunu ait yaygın NAT1 aleleri belirlenmiştir. Akraba olmayan 201 bireyin DNA örneği çalışılmış ve NAT1*3, NAT1*4, NAT1*10, NAT1*11 alel frekansları, sırasıyla %3,73, %69.6, %17.66, %7.2 oranlarında tesbit edilmiştir. Bireylere ait genotipler ve bunların sıklıkları, NAT1M/NAT1M (%51,7), NAT1*4/NAT1*10 (%22,3), NAT1*4/NAT1*11 (%7,4), NAT1*10/NAT1*10 (%3,9), NAT1*3/NAT1*10 (%2,4), NAT1*10/NAT1*11 (%1,9), NAT1*11/NAT1*11 (%1,9), NAT1*3/NAT1*4 (%1,9), NAT1*3/NAT1*3 (%0,9), NAT1 *3/NATl * 1 1 (%0,9) olarak belirlenmiştir SSCP analizi sonucu baza aleller (%1.96) teşhis edilememiştir. Tanımlanamayan bu alellerin baz dizi bilgisi olmadan, Türk populasyonuna özgü yeni bir alel olup olmadığından emin olunamaz. NAT 1*11 alelinin sıklığı farklı populasyonlardaki çalışmalarla karşılaştırıldığında yüksek oranda görülürken, diğer alellerin sıklığı (NAT1 *3,NAT1 *4, NAT1 * 1 0) Kafkas populasyonuna daha yakın oranda bulunmuştur. Anahtar Kelimden NAT1, SSCP, RFLP, İNSAN, POLİMORFİZM.

IV SUMMARY MSc Thesis Polymorphism in NAT1 (N-acetyhransferase type 1) locus in a Turkish population Serdal Arslan Cumhuriyet University Graduate School of Natural and Applied Sciences, Department of Biology Supervisor: Assoc Prof. Dr. Fevzi Bardakçı Two cytosolic isozymes showing acetyltransferase activity, so called NAT1 and NAT2, are known for the NAT enzyme. NAT1, 870 base pair long, is located on chromosome 8p21.3 and encodes for a 290 amino acids long protein, contains no introns. To date, 25 alleles have been identified in human populations. NAT 1*4 is a wild-type allel. Common NAT1 alleles in Turkish population were identified using PCR-RFLP (polymerase chain reaction- restriction fragment length polymorphism) and PCR-SSCP (polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism) methods. DNA from 201 unrelated individuals were studied and frequencies of NAT1*3, *4, *10 and *11 were determined as 3,73%, 69,6%, 17,66 and 7,2%, respectively. Individual genotypes and their frequencies were estimated as NAT1*4/NAT1*4 (%51,7), NAT1*4/NAT1*10 (%22,3), NAT1*4/NAT1*1 1 (%7,4), NAT1*10/NAT1*10 (%3,9), NAT1*3/NAT1*10 (%2,4), NAT1*10/NAT1*11 (%1,9), NAT1*11/NAT1*11 (%1,9), NAT1*3/NAT1*4 (%1,9), NAT1*3/NAT1*3 (%0,9), NAT1*3/NAT1*11 (%0,9). As a result of SSCP analyses, some of the alleles (%1.96) could not be identified. One cannot be sure if these unidentified alleles are new alleles specific to Turkish population without their sequence information. In comparison to other studies on different populations, while the frequency of NAT1*11 allele is the highest in Turkish population, frequency of the remaining alleles (NAT1*3, NAT1*4, NAT1*10) were close to other Caucasian populations. Key Words: NAT1, SSCP, RFLP, HUMAN, POLYMORPHISM.