Çanakkale ilinde pırasa sarı çizgi virüsü (Leek yellow stripe virus; LYSV)`nün biyolojik ve moleküler karakterizasyonu

Abstract

Bu çalışmada Çanakkale il ve ilçelerinden 2009-2010 üretim yılı içinde bir sörvey çalışması yürütülerek Pırasa sarı çizgi virüsü (Leek yellow stripe virus; LYSV)'ne benzer simptom gösteren pırasa bitkilerinden 77 örnek toplanmıştır. Toplanan örnekler LYSV'nin varlığını belirlemek amacı ile DAS-ELISA ve RT-PCR analizleri ile test edilmiştir. DAS-ELISA ve RT-PCR testleri sonucunda 77 örnekten 51 tanesi LYSV ile infekteli bulunmuştur. İnfekteli bulunan örnekler içerisinden elde edildiği ilçeler göz önünde bulundurularak belirli sayıda izolat biyolojik özelliklerini belirlemek amacı ile değişik gösterge bitkilere mekanik inokulasyon yöntemi ile inokule edilmiş, moleküler özelliklerini belirlemek amacı ile kılıf protein genleri klonlanarak nükleik asit dizilimleri belirlenmiştir. Klonlama ve sekans analizi yapılan LYSV izolatlarına özgü kılıf protein genlerinin nükleotid dizilimleri gen bankasında bulunan ve dünyanın farklı üretim bölgelerinden LYSV izolatlarının CP genleriyle karşılaştırılmıştır. Bu karşılaştırmalar sonucunda ülkemiz LYSV izolatlarının CP genlerinin nükleotid düzeyinde % 97-98, dünya izolatları ile % 77-95 oranında bir benzerliğe sahip olduğu bulunmuştur. Yapılan filogenetik analizler sonucunda ise Çanakkale izolatlarının dünyanın farklı bölgelerindeki izolatlarla farklı düzeylerde genetik ilişki gösterdiği saptanmıştır. Ayrıca bu izolatlar Western blot analizi yöntemiyle kılıf proteinleri analiz edilmiştir. Western blot analizi çalışmalarında tüm izolatlara özgü 34 kDa ağırlığında kılıf proteini elde edilmiştir.

In this study, a survey was conducted in Canakkale Province and subprovince in leek plants that shows Leek yellow stripe virus-like symptoms in year 2009-2010. A total of 77 samples were collected from these areas and tested by DAS-ELISA and RT-PCR for the presence of LYSV. As a result of the DAS-ELISA and RT-PCR analysis 51 out of 77 samples were found infected with LYSV. The sap of the infected plant samples were inoculated into LYSV sensitive indicator plants to determine the biological characteristics. Isolates obtained as the pure isolates were grouped based on biological characteristics and locations where they were isolated. The coat protein genes of some isolates representing each group were cloned and sequenced. Isolates were further characterized here and the sequences obtained from LYSV isolates of Canakkale were compared with known sequences from other parts of the world to determine the genetic differences and evolutionary relationships among LYSV isolates from Canakkale and the other parts of the world. Comparison of CP genes revealed that CP gene of LYSV isolates from Canakkale Province and subprovince showed 97-98 % and isolates with the world 77-95 % identity in their nucleotide sequences, respectively. Phylogenetic analysis of the CP gene sequences showed that LYSV isolates from Canakkale provinces and subprovinces different level of genetic relationship with LYSV isolates from world. In this case the method isolates proteins were analyzed by Western blot analysis. Western blot analysis studies specific to all isolates were obtained from 34 kDa coat protein.