Koroner arter hastalarının plaklarında ve dolaşımlarındaki uzun kodlama yapmayan RNA ifade düzeylerinin incelenmesi

Abstract

Koroner arter hastalığının en yaygın nedeni koroner arterlerdeki aterosklerozdur. Aterosklerozun ilerlemesiyle gelişen aterosklerotik plaklar, medial dejenerasyon ve intimada lipid, karbonhidrat, kan hücreleri, fibröz doku ve kalsiyum birikimiyle oluşur. Kardiyovasküler hastalıkların gelişimi ve ilerlemesinde epigenetik mekanizmaların önemli etkenler arasında olduğu ileri sürülmektedir. Bu epigenetik mekanizmalardan özellikle kısa ve uzun kodlanmayan RNA moleküllerinin önemi ise son zamanlarda yapılan çalışmalarla anlaşılmıştır. Kodlama yapmayan RNA aracılı epigenetik mekanizmalar uzun kodlama yapmayan RNA'lar (200 nükleotidden uzun RNA) ve kısa kodlama yapmayan RNA'lar tarafından gerçekleştirilir. Çalışmamızda lncRNA'lardan FENDRR ve lincRNA-p21'in gen ifadesi plaklı koroner arter ve plaksız İnternal Mammarian Arter (İMA) doku örneklerinde (20 koroner arter, 20 İMA dokusu) ve kan örneklerinde (44 hasta, 44 kontrol) çalışılmıştır. Bu lncRNA'ların ateroskleroz hastalığı ile ilişkisini belirlemek amacıyla qRT-PCR yöntemi ile ΔΔCT metodu kullanıldı. Alınan verilere göre lincRNA-p21 ve FENDRR'in ekspresyon seviyeleri belirlendi. Koroner arter ile İMA dokuları ve kan örneklerinde hasta-kontrol grupları arasındaki bu lncRNA'ların ekspresyonları karşılaştırıldı. Kontrol grubu olan İMA doku örneklerine göre plaklı koroner arter dokularında lncRNA FENDRR ve lincRNAp-21'in ifadelerinin azaldığı gözlenmiştir. FENDRR'in ifadesinin 2.16 kat azaldığı (p=0.264), lincRNAp-21'in ifadesinin 6.7 kat azaldığı (p=0.705) görülmüştür. İMA dokularına oranla koroner dokularındaki FENDRR ve lincRNAp21'in ekspresyonlarındaki azalma biyolojik olarak anlamlı bulunmuş fakat istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır. (p>0.05) Hasta ve kontrol bireylerden alınan kan serumlarından elde edilen total RNA'da FENDRR ve lincRNA-p21 ifadesine rastlanmamıştır.Anahtar Kelimeler: Ateroskleroz, lncRNA, FENDRR, lincRNA-p21

The most common cause of coronary artery disease is atherosclerosis of coronary arteries. The developing atherosclerotic plaque with the progress of atherosclerosis, are formed by medial degeneration and lipid, carbohydrate, blood cells, fibrous tissue and the accumulation of calcium in the intima. Epigenetic mechanisms have been suggested to be important factors in the development and progression of the cardiovascular diseases. The importance of these epigenetic mechanisms, such as long and short non-coding RNA molecules have been shown in recent studies. Epigenetic mechanisms mediated by noncoding RNAs are made by long noncoding RNAs (>200 nt) and short noncoding RNAs. In our study, the FENDRR and lincRNA-p21 from lncRNA gen expression were performed in the plate coronary artery plaque and nonplate Internal Mammarian Artery (IMA) tissue samples (20 coronary arter, 20 IMA tissue) and blood samples (44 patient, 44 control). In order to determine the relationship between atherosclerosis and these lncRNAs, qRT-PCR with delta delta ct methods were used. The lincRNAp21 and FENDRR gen expression levels according to the received data determined. Expressions these of lncRNAs between patient-conrol group in the blood samples and coronary arter with IMA were compared. Our data showed that expression level of FENDRR ve lincRNA-p21 reduce in coronary artery plaque tissue according to that IMA tissue. We observed that FENDRR expression 2,16 fold decrease (p=0.264), and lincRNA-p21 expression 6,7 fold decrease (p=0.705). Reduction of FENDRR and lincRNA-p21 expression in coronary artery according to IMA tissue is significant as biologically but is not significant considering to statisticaly (p>0.05).The FENDRR and lincRNA-p21 expression were not observed in total RNA that obtained from blood serum from patient ve control individuals.Keyword: Atherosclerosis, lncRNA, FENDRR, lincRNA-p21