Manisa yöresindeki Leishmania Spp.`nin genotiplendirilmesi

Abstract

Amaç: Çalışmamızda Manisa ili ve çevresinde görülen leishmaniasis olgularında Leishmania türlerinin gerçek zamanlı PZR ile genotiplendirmesi amaçlanmıştır. Türlerin tespiti tedavinin seçiminde faydalı olmaktadır. Gereç ve yöntem: Leishmania spp. tanısında, klinik örneklerden Giemsa boyası ile hazırlanan preparatların mikroskobik bakısının yanı sıra kültür, seroloji ve gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) gibi çok çeşitli yöntemler kullanılmaktadır. Direkt mikroskobi ile hassasiyet düşük olup kültürde üreme uzun sürebilmektedir. Diğer taraftan serolojik yöntemler ile her zaman güvenilir sonuçlar elde edilemeyebilir. Gerçek zamanlı PZR pahalı ve zaman alıcı bir yöntem olmasına rağmen duyarlılığı yüksek bir yöntemdir. Leishmania türlerinin mikroskobi ile ayrımı yapılamamaktadır. Leishmania spp. tanısının kesin olarak yapılabilmesi için moleküler yöntemlerden yararlanılmaktadır.Çalışmamızda Manisa ili ve çevresinde görülen leishmaniasis olgularında Leishmania spp.'nin gerçek zamanlı PZR ile genotiplendirilmesi amaçlanmıştır. Buna yönelik olarak önceden elde edilmiş ve sıvı azot tankında saklanmakta olan 7'si kutanöz leishmaniasis (KL) ve 3'ü visseral leishmaniasis (VL) hastasına ait klinik izolatların tümünde Leishmania ribozomal genomunun SSU rRNA ve 5.8 S rRNA'sını kodlayan genleri ayıran ribozomal Internal Transcribed Spacer 1 (ITS1) bölgesi hedef alınarak tasarlanan primer ve problar kullanılarak gerçek zamanlı PZR erime analizi yöntemi çalışılmıştır. Bunun için ilk olarak sıvı azot tankından çıkarılan klinik izolatlar çözdürülmüş, sonrasında RPMI 1640 besi yerinde yeterli miktarda üremeleri beklenmiş ve sonrasında gerçek zamanlı PZR ile genotiplendirme işlemi gerçekleştirilmiştir. Bulgular ve sonuçlar: Sonuç olarak çalışılan 7 KL klinik izolatın altısı L. tropica, biri L. major ve 3 VL klinik izolat ise L. infantum/donovani olarak genotiplendirilmiştir.

Objective: In our study, we aimed to conduct genotyping of Leishmania spp. with real time PCR in leishmaniasis cases seen in and nearby Manisa province. Species detection is useful for selecting treatment.Materials and Methods: Many methods like; microscopic examination of Giemsa stained slides besides cultivatingg, serology and real time Polimerase Chain Reaction (PCR) have been used for the diagnosis of Leishmania spp. Microscopic examination has low sensitivity, and cultivating may take a long time. Moreover, serological methods may not provide reliable results at all times. Although real time PCR is an expensive and time consuming method, it has high sensitivity. Leishmania spp. can't be distinguished by microscopic examination. Molecular methods are utilised for the definitive diagnosis of Leishmania spp.In our study, we aimed to conduct genotyping of Leishmania spp. with real time PCR in leishmaniasis cases seen in and nearby Manisa province. For this purpose, we apply real time PCR to 7 cutaneous leishmaniasis (CL) and 3 visceral leishmaniasis (VL) patient's clinic isolates which previously obtained and stored in liquid nitrogen tank. For this purpose, we have performed real time PCR melting analysis with specifically designed primers and probes against Internal Transcribed Spacer 1 (ITS1) region which separates genes that encoding of Leishmania ribosomal genome SSU rRNA and 5.8S rRNA. For this purpose, isolates, taken off from liquid nitrogen tank, thawed, the enough proliferation of those awaited in the RPMI 1640 medium and then, genotyping of those was conducted by real time PCR.Results and conclusion: As a result, we have found 6 L.tropica and 1 L. major out of 7 CL and 3 VL were found as L. infantum/donovani.