Nükleik asit analizi yöntemlerinin bilgisayarda simüle edilmesine yönelik bir dizi program tasarımı

Abstract

ÖZET NÜKLEİK ASİT ANALİZİ YÖNTEMLERİNİN BİLGİSAYARLA SİMÜLE EDİLMESİNE YÖNELİK BİR DİZİ PROGRAM TASARIMI* MURAT VEDAT YAZICIOĞLU Anahtar Kelimeler Restriksiyon enzimi, Bilgisayar, Yazılım, Internet, Biyolojik veri bankası Internet üzerinde, bilinen tüm nükleik asit ve protein dizilerini içeren pek çok biyolojik veri tabanı bulunmaktadır. Moleküler biyoloji ve bilgisayar dünyasında ki gelişime paralele olarak veri tabanlarının sayısı ve içerdikleri dizi bilgileri hızla artmaktadır. Bu çalışmada veri bankalarından elde edilen dosyaların kolay ve hızlı bir şekilde işlenmesine yönelik bir program oluşturmak amaçlanmıştır. Programın yazılımında Microsoft Visual Basic 5.0 (SP3) ortamı kullanılmış ve program `Duysi` olarak adlandırılmıştır. Duysi programı; ortak ve standart bir formatta anlaşmış olan GenBank, DDBJ ve EMBL veri bankalarından transfer edilen nükleik asit dizilerini, REBASE veri bankasında bulunan yaklaşık 3000 enzim için işleyebilmededir. Program, işlenilmesi istenilen nükleik asit dizisinde her hangi bir restriksiyon enzimine ait tüm kesim bölgelerini çıkarmakta veya dizi içinde belirlenen bir bölgeyi kesen enzimleri bulup listelemektedir. Sonuçlar sayısal veya grafik olarak alınabilmektedir. Duysi'nin internet aracılığı ile dağıtılması, hızlı ve kolay kullanılabilir bir program olması gibi avantajları nedeniyle, moleküler biyoloji alanında çalışanlara kolaylık sağlaması beklenmektedir. *Bu tez çalışması Dokuz Eylül Üniversitesi Araştırma Fonu 0923.97.01.04 no'lu tez projesi olarak desteklenmiştir. VIII

DUYSI: A Computer Program for Simulation of Nucleic Acid Analysis Methods There are numerous databases on the Internet, which contain information on ali known nucleic acid and proteins. The number and amount of information of these databases continuously increase with parallel to advances in molecular biology and computer science. This study aims to design software to utilise these databases in order to provide a fast and easy way to determine the cutting regions or restriction enzymes of nucleic acid sequences. Developed software is called as ` DUYSl` and written using Visual Basic programming language. DUYSİ can compare nucleic acid sequences acquired from GenBank, DDBJ and EMBL databases with REBASE enzyme database. REBASE database contains sequence information on 3000 restriction enzyme. DUYSl uses this information to determine cutting regions of nucleic acid sequence for a chosen restriction enzyme, or to list restriction enzymes for chosen part of nucleic acid sequence. Results can be presented in text or graphical formats. It is expected, DUYSl can help molecular biology field, providing a fast and reliable way to utilise on üne biological databases. IX