Klinikte frajil x sendromu tanısı konmuş ve şüpheli ailelerde, FRAXA bölgesindeki CGG tekrarlarının DNA teknolojisiyle bekirlenmesi

Abstract

ÖZET KLİNİKTE FRAJİL X SENDROMU TANISI KONMUŞ VE ŞÜPHELİ AİLELERDE, FRAXA BÖLGESİNDEKİ CGG TEKRARLARININ DNA TEKNOLOJİSİYLE BELİRLENMESİ* ÇİĞDEM ERESEN Anahtar sözcükler Frajil X sendromu, FMR1, CGG üçlü nükleotid tekrarlan, PCR, Southern Blot Ailesel mental retardasyonun en sık rastlanılan nedeni olan Frajil-X sendromu; çeşitli davranış özellikleri, uzun yüz, büyük ve dışarı çıkık kulaklar, makroorşitizm gibi fenotipik özellikler ile karakterize bir sendromdur. Başta mental retardasyon olmak üzere, sendromun fenotipik özelliklerinden; yerleşimi Xq27.3 olan FMR1 geninin 5'ucundaki CGG üçlü nükleotid tekrarlarının sayısısal artımı ile bölgeninin metilasyona uğraması sonucu FMR1 proteininin sentezlenememesi sorumludur. Sendromla ilgili çalışmalarda sitogenetik analiz, PCR ve Southern Blot yöntemleri kullanılmaktadır. Bu araştırmada; CGG üçlü nükleotid tekrarlarındaki olası sayısal değişimlerin moleküler biyolojik yöntemlerle belirlenmesi ve bu yöntemlerin birbirleriyle işlevsellik yönünden karşılaştırılması amaçlandı. Frajil X sendromu şüphesi olan 11 yeni olgu, sitogenetik analizle frajil X kromozomu saptanmış 2 eski olgu ve 6 olgunun aile bireyleri olmak üzere toplam 37 olguda, iki farklı primer çifti ve iki ayrı polimeraz enzimi ile PCR yöntemi, geliştirilerek uygulandı. Ayrıca nested PCR, yenilik olarak uygulamaya konuldu. PCR yöntemiyle elde edilen bulgular Southern Blot yöntemi ile kontrol edildi. PCR çalışmalarında, bölgenin özel yapısı nedeniyle, primer ve enzim seçiminin sonuçları belirgin bir şekilde etkilediği saptandı. Yöntemlerin karşılaştırmalı sonuçları göz önüne alındığı zaman, Frajil X sendromu tanısında ve ailelerin değerlendirilmesinde, moleküler metotların mutlaka kullanılması gerektiği bir kez daha vurgulandı. Ayrıca PCR ve Southern blot yöntemlerinin de moleküler düzeydeki çalışmalarda tek başlarına yeterli olamadıkları, her iki yöntemin beraber olarak kullanılması gerektiği ortaya konuldu. *Bu tez çalışması Dokuz Eylül Üniversitesi Araştırma Fonu tarafından 923970108 no'lu tez projesi olarak desteklenmiştir. VII

SUMMARY DETECTION OF FRAXA REGION CGG REPEATS IN FRAGILE X SYNDROME DIAGNOSED AND SUSPECTED FAMILIES USING DNA TECHNOLOGY Çİ?DEM ERESEN Keywords Fragile X syndrome, FMR1, CGG trinucleotide repeat, PCR, Southern Blot Fragile X, one of the most encountered reason of hereditary mental retardation, is a syndrome characterized by phenotypic features such as a long face, big and wide ears, and macroorchidism. FMR1 gene is located in Xq27.3 region. Failure of FMR1 protein synthesis due to methylation of this region caused by increased number of CGG trinucleotide repetitions is responsible phenotypic features of syndrome such as mental retardation. Cytogenetic analysis, PCR and Southern Blot methods are used to study this syndrome. Goal of this study is, to detect numerical changes of CGG trinucleotide repeats using molecular biologic methods, and compare these methods in terms of functionality. PCR method using two different primers and two different polimerase enzymes has been used in 37 cases. Eleven of these cases were new cases suspected of Fragile X Syndrome. Two cases were old cases with fragile X chromosome diagnosed by cytogenetic analysis. And the rest of the cases were family members of 6 cases. In addition the PCR method nested PCR method has also used as an improvement. Results of PCR method has been cross checked using Southern Blot method. In PCR studies, it has been observed that selection of primer and seconder enzymes affects the results due to special structure of region. According to the comparison of different methods, molecular methods should been used in diagnosis of Fragile X Syndrome and in evaluation of families. In addition, it has been founded that, PCR and Southern Blot methods are not successful alone, and these two tests should been used together. VIM