Kan kültürlerinde üreyen metisiline dirençli Staphylococcus aureusun multipleks polimeraz zincir tepkimesi yöntemiyle hızla tanısı

Abstract

Özet Kan Kültürlerinde Üreyen Metisiline Dirençli S.aureus'un Multipleks PZT Yöntemiyle Hızlı Tanısı Bakteriyemili hastalarda etken olan metisilin dirençli S. aureus (MRSA)'ların hızlı ve güvenilir olarak en kısa zamanda tanımlanması tedaviye başlanması açısından önemlidir. Bu çalışmada amacımız kan kültürlerinde üreyen S. aureus suşlarının hızlı ve güvenilir şekilde tanımlanıp kontaminant olarak kabul edilen koagülaz negatif stafilokoklardan (KNS) ayrılmasını sağlamak, aynı zamanda izolatların metisilin duyarlılıklarını mümkün olan en kısa zamanda tespit etmektir. Çalışmamızda, 16S rRNA-mecA ve nuc genlerini saptayan bir multipleks PZT yöntemi uygulanmıştır. Yöntemin standardizasyonu amacıyla, öncelikle MRSA, MSSA, metisiline duyarlı ve dirençli KNS, maya ve değişik türlerden Gram negatif basil içeren toplam 76 örnek incelenmiştir. Ayrıca BACTEC 9240 kan kültür sisteminde üreme sinyali alındıktan sonra preparatlarında Gram pozitif kok görülen 56 hasta örneği de çalışılmış, sonuçlar kültür sonuçları ile kıyaslanmıştır. Kan örneklerinden DNAeldesi için lizostafin veTriton X-100 lizis tamponu kullanılmıştır. Standard izasyon amacıyla kullanılan tüm simüle örneklerde bilinen tanımlamalarla uyumlu sonuçlar elde edilmiştir. Kontrol suşları ile PZT'nin üç gen için de saptama sınırı 103 bakteri olarak belirlenmiştir. Hasta örnekleriyle yapılan çalışmalarda da, kültür pasajları sonrası yapılan rutin tanımlama ve duyarlılık testleri ile tam uyumlu sonuçlar elde edilmiştir. Bununla birlikte, kan kültüründe üreme sinyali alınması sonrasında PZT sonuçları 3.5 saatte tamamlanmakta, buna karşın rutin testlerle sonuç alınabilmesi 48 saate kadar uzamaktadır. Sonuç olarak; bu çalışmada kullanılan multipleks PZT yöntemi kan kültürlerinde üreyen MRSA'ların saptanmasında hızlı ve güvenilir bir yöntem olarak uygulanabilir.

Summary Rapid Diagnosis of Methiciliin Resistant S.aureus in Blood Cultures by Using a Multiplex PCR Method It is important in terms of starting the treatment for the methiciliin resistant S.aureus (MRSA) which can be an important cause of bacteremia to be identified correctly in the shortest time. In this study, our objective is to identify the S.aureus strains growing in blood culture, to seperate them from coagulase negative Staphylococcus (CNS) which are identified as contaminants and also to determine the methiciliin sensitivity the isolates as soon as possible. In our study, a multiplex polimerase chain reaction (PCR) method which determines 16S rRNA/mecA and nuc genes has been applied. For the purpose of standardization, firstly 76 samples containing MRSA, MSSA, CNS, Gram negative bacillus of different species and yeast which are sensitive or resistant to methiciliin have been examined. Moreover, after getting a signal of growth in the BACTEC 9240 blood culture system, 56 clinical samples which contained Gram positive cocci in Gram preparation have also been studied and the results have been compared with the culture results. Lysostaphyin and Triton X-100 lysis buffer has been used for DNA extraction from blood samples. In all simultaneous samples which are used for the purpose of standardization, similar results with known isolates have been obtained. The determination limit of PCR for all three genes has been determined as 103 bacteria. Also, in the studies made with clinical samples the same results have been obtained with the antibiotic sensitivity tests and routine identification following inoculation to agar plates. Additionaly, after getting positive growth signal in blood culture, PCR results have been completed within 3,5 hours whereas to be able to get a result from routine tests takes almost 48 hours. As a conclusion, the multiplex PCR method used in this study can be applied as a rapid and safe method in determining MRSA in blood cultures.