Identification of long non-coding RNAs that have potential to be novel diagnostic, prognostic biomarkers or therapeutic targets in mantle cell lymphoma through whole-transcriptome sequencing

Abstract

Mantle hücreli lenfoma (MCL), sürekli nüks paterni ve sadece 3-5 yıl ortanca sağkalım ile tedavi edilemeyen bir lenfoid neoplazmı olarak kabul edilen B hücreli Hodgkin olmayan lenfoma alt türüdür (NHL). Bu nedenle, MCL hastalarının tedavisinin optimize edilmesi ve prognozlarının iyileştirilebilmesi için MCL patolojisinin aydınlatılarak yeni biyobelirteçlerin keşfedilmesi ve tedavi hedeflerinin belirlenmesi gerekmektedir.Uzun kodlayıcı olmayan RNA'ların (lncRNA'lar) birçok kanserin gelişimine katkı koyduğu ve bazılarının yeni biyobelirteçler olarak kullanıldığı gösterilmiştir. Bununla birlikte, MCL patogenezi ve prognozu ile ilgili çok az sayıda lncRNA literatürde rapor edilmiştir.Bu çalışmada, tüm transkriptom dizilime yoluyla MCL'de yeni tanısal, prognostik biyobelirteçler veya terapötik hedefler olma potansiyeli olan lncRNA'ları belirlemeyi amaçladık. 18 MCL numunesinin lncRNA'sını ve ayrıca mRNA ekspresyon profilini inceledik ve 3 kontrol numunesi ile karşılaştırıldık. Toplamda 1149 anlamlı şekilde farklışekilde eksprese edilen lncRNA'lar belirledik. Belirlenen bu lncRNA'lardan 322 tanesi upregüle, 827 tanesi ise kontrol örneklere göre downregüle olmuştu. MCL hasta tümor numunelerindeki bazı seçili lncRNA'ları –WTS sonuçlarının çapraz validasyonu amacıyla- qRT-PCR ile analiz ettik. Farklı şekilde ekprese edilen genleri yorumlamak için yolak analizi gerçekleştirdik ve upregüle edilmiş mRNA'ların çoğunlukla anjiyogenez ve kanserdeki yolaklarla ilişkili olduğunu gözlemledik. AC210983.1, LINC01268, PWRN2, MAGI1-IT1 lncRNA'ların ve SOX11, EZH2 ve IL33 mRNA'ların MCL prognozunu belirleyebilecek transkript seviyelerini ROC eğrisi analizi ile inceledik. Kaplan Meier eğrileri, P değeri anlamlı değildi (P > 0.05). Bununla birlikte, bu çalışmamız, MCL hasta prognozunda anlamlı şekilde farklı şekilde eksprese edilen lncRNA'ların ve mRNA'ların, artan numune sayısı ve fonksiyonel analizlerle daha fazla araştırılması gereken potansiyel değerini göstermiştir.

Mantle cell lymphoma (MCL) is a B-cell non-Hodgkin's lymphoma (NHL) which is considered as an incurable lymphoid neoplasm with a continuous relapse pattern and a median survival of only 3-5 years. Therefore, there is an urgent need to elucidate the MCL disease pathobiology and identify novel biomarkers and therapeutic target in order to optimize the treatment and improve the prognosis of MCL patients. Long noncoding RNAs (lncRNAs) have been shown to involve the development of many cancers and some of them are used as novel biomarkers. However, there are very few reports of lncRNAs that are related to the MCL pathogenesis and prognosis. In this study, we aimed to identify lncRNAs that have the potential to be novel diagnostic, prognostic biomarkers or therapeutic targets in MCL through whole-transcriptome sequencing. We examined the lncRNA and also mRNA expression profile of 18 MCL samples and compared with 3 control samples. A total of 1149 significantly differentially expressed lncRNAs were detected with 322 of lncRNAs upregulated and 827 of lncRNAs downregulated in MCL. We analyzed some selected lncRNAs in MCL patient tumor samples - for cross-validation of WTS results - by qRT-PCR. We also performed pathway analysis to interpret the differential expression data. And we found that upregulated mRNAs were mainly involved in angiogenesis and pathways in cancer. We examined the diagnostic value of differentially expressed AC010983.1, LINC01268, PWRN2, MAGI1-IT1 lncRNAs and SOX11, EZH2 and IL33 mRNAs by ROC curve analysis. Despite a high area under the curve value of selected transcripts, according to the log-rank test of Kaplan Meier curves, p values were not significant ( P > 0.05). However, our present study showed the potential value of significantly differentially expressed lncRNAs and mRNAs on MCL patient prognosis which should be further investigated with increased sample number and functional assays.