Sinyal yolaklarının yeniden oluşturulması için sezgisel algoritma ile graf teorik yaklaşım

Abstract

Çok hücreli organizmaların yaşamlarını devam ettirebilmeleri ve gelişebilmeleri için hücrelerin birbirleriyle iletişim kurmaları gerekmektedir. Hücre sinyali hücreler arası iletişimi sağlayan bir çeşit kimyasal tepkimedir. Sinyal yolakları ise bu kimyasal tepkimeleri ifade eder. RNAi sistemi virüslü hücrenin RNA'larının vücutta tanımlayıp yok edilmesini sağlar. Sinyal yolakları RNAi verileri kullanılarak yapılandırılabilir. Boolean RNAi söndürme verileri kullanılarak protein-protein etkileşimini ifade eden sinyal yolaklarının topolojik yapısının oluşturulması çözüm uzayı oldukça büyük olan ters bir problemdir (inverse problem). Bu çalışmada sezgisel algoritma olan Genetik Algoritma (GA) kullanılarak tekli Boolean RNAi söndürme deneyleriyle uyumlu olan ve çözüm uzayını küçülten topolojiler bulunmuştur.Anahtar Kelimeler: Sinyal Yolakları, RNAi verileri, Genetik Algortima, Graf Teori

Intercellular communication is required for cells to keep on their lives and to be discovered. Cell signalling is a list of chemical reactions that are used for intercellular communication. Signalling pathways denote these chemical reactions. RNAi system enables us to identify and remove RNAs of viral cells. Signaling pathways can be constructed by using RNAi data. Constructing the topologies of signaling pathways which denote protein-protein interaction by using Boolean RNAi knockdown data has a large solution space and is an inverse problem. In this study, topologies compatible with single Boolean RNAi knockdown experiments which reduce the dimension of solution space are found using one of the heuristic algorithms called Genetic Algorithm.Keywords: Signaling Pathways, RNAi data, Genetic Algorithm, Graph Theory