DNA metilasyon faktörünün meme kanseri oluşumundaki rolünün bisülfit yöntemiyle araştırılması

Abstract

Ill DNA METİLASYONUNUN MEME KANSERİ GELİŞİMİNDEKİ ROLÜNÜN BİSÜLFİT YÖNTEMİYLE ARAŞTIRILMASI ÖZET BRCA2 geni meme ve over kanseri gelişiminde rol oynadığı bilinen tümör süpressor genlerden biridir. Sporadik meme kanserinde BRCA2 geninin somatik mutasyonlarına nadir rastlanmaktadır. Dolayısıyla hastaların en azından bir kısmında metilasyon tabanlı bir epigenetik faktör etkin olmaktadır. Sporadik meme kanseri hastalarının normal ve tümörlü dokularından DNA örnekleri izole edildi. DNA örnekleri BRCA2 geni metilasyon tablosunun belirlenmesinde karşılaştırmalı olarak kullanıldı. Herbir DNA örneğine iki farklı metod uygulandı. A) MspI, HpalI RE sindiriminden sonra BRCA2 geninin 1. exonunun başlangıç kısmındaki site 1-2-3 bölgeleri için PCR yapıldı. B) DNA örneklerine bisülfit modifikasyonu uygulandıktan sonra site4 (exonl'in başlangıç bölgesinde ) ve site5 (exonl'in 5' tarafım ve başlangıç bölgesini içine alacak şekilde) bölgeleri MSP PCR metoduyla çalışıldı. 18 Hastada 5'inin hem normal hem de tümör dokularında site5'de metilasyonun olduğu, geri kalan 7 hastanın ne tümör ne de normal dokularında bu bölgenin metile olmadığı bulundu. Ayrıca çalışmanın retrospektif karakterinden dolayı normal dokuları elde edilemeyen 6 hastanın 4'ünde metillenmiş olan site5, diğer iki hastada metillenmemiş bulundu. Normal ve tümörlü dokulardan elde edilen bulgularla, site5 metilasyon tablosunun bireyden bireye değişiklik gösterdiğine ve BRCA2 promotor bölgesindeki diğer CpG adacıklarının metilasyon durumu üzerine yapılacak çalışmaların, BRCA2 geni promotor metilasyonu ile sporadik meme kanseri oluşumu ilişkisini saptamakta yararlı olacağına karar verildi. Anahtar kelimeler: meme kanseri, DNA metilasyonu, BRCA2 geni m, ümmmm mm

IV THE INVESTIGATION THE ROLE OF DNA METHYLATION IN DEVELOPMENT OF BREAST CANCER BY BISULFITE METHOD ABSTRACT BRCA2 gene is one of the tumour suppressor genes involved in breast and ovarian cancer genesis. In sporadic breast cancers somatic mutation of BRCA2 gene has rarely been detected. Thus at least some of the cases may have been caused by a methylation based epigenetic factor. DNA samples from both normal and tumour tissue of sporadic breast cancer patients were isolated and used comparatively for determining methylation pattern of BRCA2 gene. Two different methods were applied on each DNA samples. A)After Mspl, Hpall RE digestion of DNA samples, PCR's was performed for site 1-2-3 of the start region of the BRCA2 gene exonl. B) DNA samples exposured bisulfite modification then MSP PCR for site4 (in the start region of exonl) and site5 (in the 5' side of exonl and start region of exonl) were done. Methylation has not been detected in sites 1-2-3 (studied by MspI-Hpall-PCR method) and site4(including sitel-2 and start region of site3;studied by MSP PCR method) of the BRCA2 promotor. Five of 18 patients have shown methylation in site5 in both normal and tumour tissues while 7 patients were not including methylation in site5 from neither normal nor tumour tissues. In the other hand 4 of the 6 patients shoved methylated Site5's was methylated while the same site in tumour tissues from other two patients were unmethylated. Normal tissues of last six patients could'nt obtained because of the retrospective character of the study. Comparations between normal and tumour tissues showed that there is a variation of methylation status of site5 between individuals. It was concluded that future studies on methylation pattern of other CpG islands in BRCA2 promotor region will be useful to fix the possible relationship between BRCA2 promotor methylation and sporadic breast cancer genesis. Keywords:Breast cancer, DNA Methylation. BRCA2 gene