Fare genomunda bulunan bazı TCA devri enzim genlerinin cDNA`larının üretilmesi, antisens mRNA üretimi ve in situ hibridizasyonu ile gen ekspresyon analizi

Abstract

ÖZET Yüksek Lisans Tezi FARE GENOMUNDA BULUNAN BAZI TCA DEVRİ ENZİM GENLERİNİN cDNA'LARININ ÜRETİLMESİ, ANTİSENS mRNA ÜRETİMİ ve INSÎTUHİBRÎDİZASYONUÎLE GEN EKSPRESYON ANALİZİ Haran BUDAK Atatürk Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Anabilim Dalı Danışman: Doç.Dr. Mehmet ÇİFTÇİ Birçok bileşen ihtiva eden düzenleyici metabolik ağm anlaşılması için, her bir komponentin ekspresyon zamanının ayrıntılı bir şekilde bilinmesi önemli bir avantaj sağlar. Gen ekspresyon örnekleri, RNA in situ hibridizasyonu ile kolaylıkla belirlenebilir. Bu çalışmada fare genomunda bulunan bazı TCA Devri enzim genlerinin, 14,5 günlük fare embriyosu üzerinde otomatik robot kullanılarak in situ hibridizasyon yöntemiyle gen ekspresyon analizi yapılmıştır. Bu amaçla bazı TCA Devri enzim genleri (Acol, Aco2, Cs, Idhl, Idh2, Îdh3b, Idh3g, Mdhl, Mdh2, Sdhb, Sdhc, Ogdh) seçildi. Bu enzimler için spesifik primerler düzenlendi. Bu spesifik primerler kullanılarak spesifik cDNA probları hazırlandı. cDNA probları ile antisens mRNA' lar (in vitro transkripsiyon) üretildi. Bu antisens mRNA probları kullanılarak; 14,5 günlük fare embriyosu üzerinde in situ hibridizasyon yapıldı. Sonuç olarak Acol, Aco2, Cs, Idhl, Idh2, IdhSb, IdhSg, Mdhl, Mdh2, Sdhb, Sdhc, Ogdh gederinin ekspresyona uğradığı bölgeler tespit edildi. Daha sonra ekspresyon sonuçlan internet ortamına (www.genepaint.org) aktarıldı. 2005,87 sayfa Anahtar kelimeler; In situ hibridizasyon, mRNA, cDNA, gen ekspresyonu

ABSTRACT Master Thesis cDNA'S PRODUCTION OF SOME TCA CYCLE ENZYME GENES IN MOUSE GENOME, PRODUCTION OF ANTISENS mRNA AND GEN EXPRESSION ANALYSIS BY IN SITU HYBRIDIZATION Harun BUDAK Atatürk University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Chemistry Supervision Assoc. Prof. Mehmet ÇÎFTÇÎ In the understanding of metabolic pathway that has many components, detailed knowledge of expression time of each of these components provide important advantages. Gene expression pathways can readily be determined by RNA in situ hibrizidation. In the present study, the gene expression analysis of some enzymes of TCA Cycle that present in mouse genome was carried out using a automatic robotic system by in situ hibrizidation in 14,5 days old mouse embryo. In this aim, gene of some enzymes (Acol, Aco2, Cs, Idhl, Idh2, Idh3b, Idh3g, Mdhl, Mdh2, Sdhb, Sdhc, Ogdh) was selected in TCA Pathway. Specific primers were arranged for these enzymes. Specific cDNA templates were prepared with these specific primers. Antisense mRNAs (in vitro transcription) were produced with spesific cDNA templates. In situ hybridization in which was used these antisense mRNAs on mouse embryo (14,5 days) was made. Automated microscopic scanning of gene expression data for Acol, Aco2, Cs, Idhl, Idh2, IdhSb, Idh3g, Mdhl, Mdh2, Sdhb, Sdhc, Ogdh genes was investigated and these results were transfered with software in internet (www.genepaint.org ) 2005, §7 pages Keywords; In situ hybridization, mRNA, cDNA, gene expression ii