Fare genomunda bulunan karbonik anhidraz izoenzim ve karboksilaz enzim genlerinin cDNA`larının üretilmesi, antisens mRNA sentezi ve in situ hibridizasyonu ile gen ekspresyon analizi

Abstract

Hayvan genomunda bulunan genlerin büyük çoğunluğunun sekanslarınınbulunması, biyolojik düzenlenmenin temelini teşkil eden kompleks genetik ve proteinetkileşmelerini araştırma imkanlarına neden olmuştur. Gen ekspresyon örnekleri, RNAin situ hibridizasyonu ile kolaylıkla belirlenebilir. RNA in situ hibridizasyonuvasıtasıyla elde edilen gen ekspresyon verilerinin otomatik mikroskobik taranması içinbilgisayar programı oluşturulmuştur. Bu çalışmada karbonik anhidraz izoenzim vekarboksilaz enzim genleri (Car1, Car2, Car3, Car4, Car5a, Car5b, Car6, Car7, Car8,Car9, Car10, Car11, Car12, Car13, Car14, Car15, Acaca, Acacb, Pcx, Pcca, Pccb,Mccc1, Mccc2, Ggcx, Paics) seçildi. Bu genler için spesifik primerler dizayn edildi.Spesifik primerler kullanılarak cDNA kalıpları hazırlandı ve kalıplardan antisensmRNA'lar (in vitro transkripsiyon) sentezlendi. Antisens mRNA'ların;14,5 günlük fareembriyosunda in situ hibridizasyonu yapıldı. Sonuç alınan genler için ekspresyonharitaları mikroskopta incelenerek internet ortamına aktarıldı (www.genepaint.org ).2006, 152 sayfaAnahtar kelimeler: n situ hibridizasyon, gen ekspresyonu, karbonik anhidraz, karboksilaz.

The availability of sequence data for many of the genes present in animal genomes,opens up opportunities to study complex genetic and protein interactions that underlie biologicalregulations. Gene expression patterns can readily be determined by RNA in situ hybridization.There are automatical systems that allow the determination and visualization of gene expressionpatterns on different tissues. In addition, computer programme was founded for microscopicscanning of gene expression datas obtained by in situ hybridization. In the present study, geneexpression analysis of carbonic anhydrase isoenzyme and carboxylase enzyme genes present inmouse genome was carried out using an automatic robotic system by in situ hybridization in14.5 days old mouse embryo. Specific primers were arranged for these genes. Specific cDNAtemplates were prepared with these specific primers. Antisense mRNAs (in vitro transcription)were produced with spesific cDNA templates. In situ hybridization in which was used theseantisense mRNAs on mouse embryo (14.5 days) was made. Automated microscopic scanning ofgene expression data for carbonic anhydrase isoenzyme and carboxylase enzyme genes wasinvestigated and these results were transfered with software in internet (www.genepaint.org ).2006, 152 pagesKeywords: In situ hybridization, gene expression, carbonic anhydrase, carboxylase