Erzurum mezbahalarından toplanan işkembe örneklerinden selülolitik bakterilerin izolasyonu, identifikasyonu ve moleküler karakterizasyonu

Abstract

Bu çalışmada, Erzurum'da yer alan resmi ve özel kombinalardan değişik zaman dilimlerinde (ilkbahar, yaz sonbahar, kış) alınan rumen örneklerinden, selülolitik özellik gösteren ve Achromobacter, Bacillus, Brevibacillus, Citrobacter, Clostridium, Enterococcus, Escherichia, Exiquobacterium, Lactobacillus, Lactococcus, Macrococcus, Neiseria, Ocrobactrum, Paenibacillus, Paleobacter Shigella, Staphylococcus, Streptococcus ve Streptomyces cinslerine ait toplam 37 örneğin izolasyonu, identifikasyonu ve moleküler karakterizasyonu yapıldı.Selülolitik özellik gösteren ve birbirinden farklı olduğu düşünülen bakterilerin tuz, pH ve sıcaklık ihtiyaçları belirlendi. İzole edilen bu bakteri suşlarının %2-10 oranında tuz, 3-10 pH değerinde ve 10-45°C sıcaklıkta büyüyebildikleri tespit edildi. İlginç bir şekilde OZK24 suşunun%13 tuz oranı ve 11 pH değerinde ortamda varlığını devam ettirebildiği gözlemlendi.Ayrıca bütün izolatların 16S rRNA gen bölgelerinin sekans analizleri yapıldı. Bu sekans sonuçlarına göre OZK21 suşunun Macrococus caseliflavus türüne %98 oranında, OZK30 suşunun Clostridium magnum türüne %97 oranında benzemesi, bu suşların yeni tür olma potansiyeline sahip olduklarını gösterdi. Sekans sonuçlarının ardından izolatların filogenetik ağacı neighbour-joining metoduna göre oluşturuldu.

In this study, isolation, identification and molecular characterization of total 37 strains belonging to Achromobacter, Bacillus, Brevibacillus, Citrobacter, Clostridium, Enterococcus, Escherichia, Exiquobacterium, Lactobacillus, Lactococcus, Macrococcus, Neiseria, Ocrobactrum, Paenibacillus, Paleobacter Shigella, Staphylococcus, Streptococcus and Streptomyces and showing cellulolytic properties were performed with rumen samples taken from the slaughter houses in Erzurum at different times of the year (Spring, Summer, Autumn, Winter). Salt, pH and temperature requirements of the bacteria which thought to be different from each other and showing cellulolytic properties were determined. These isolated bacterial strains were determined as they could grow in 2-10% salt ratio, 3-10 pH value and 10- 45°C temperature. Interestingly, it was observed that OZK24 strain could survive in the medium at 13% salt ratio and 11 pH. Additionally, sequence analysis of 16S rRNA gene regions of all the isolates was performed. According to these sequencing results, 98% similarity of OZK21 strain to Macrococus caseliflavus and 97% similarity of OZK30 to Clostridium magnum was shown to have the potential to be a new species of these strains. Following the sequence results, the phylogenetic tree of the isolates was drawn using the neighbor-joining method.