Xanthomonas vesicatoria`nın ISSR markırları kullanılarak genetik tiplendirmesi

Abstract

Xanthomonas vesicatoria domates (Solanum lycopersicum) ve biber (Capsicum spp.) bitkilerinin önemli bir patojenidir. Son yıllarda Xanthomonas vesicatoria'dan kaynaklanan bakteriyel leke hastalığı Türkiye'nin Doğu Akdeniz Bölgesi'nde görülen en önemli hastalıklardan biridir. Bu hastalık daha çok sıcak ve nemli bölgelerde verim kaybına neden olmaktadır.Bu hastalıkların kaynağının saptanması ve uygun tedavi yönteminin belirlenmesi amacıyla bitki patojeni bakterilerin genetik tiplendirilmesine ihtiyaç vardır. Bakteri genomlarını karakterize etme ve tanımlamada kullanılan çeşitli markır sistemler geliştirilmiştir. Bu sistemlerden birisi olan ISSR-PZR, bakteri türlerinde genetik tiplendirmede kullanılan etkin bir tekniktir. Bu çalışmada, ABD ve Türkiye'de domates ve biberlerden izole edilmiş olan 29 adet Xanthomonas vesicatoria örneği öncelikle rhs geni içindeki 517 bç'lik fragmenti varlığı açısından, XCVF ve XCVR primerleri kulllanılarak tanımlanmıştır. Ayrıca 5 farklı ISSR primeri ile de 29 adet izolatın genetik tiplendirmesi amaçlanmıştır.ISSR primerlerinden elde edilen toplam 57adet PZR ürünü %100 polimorfik bulunmuştur. Bütün veriler Aritmetik Ortalamayı Kullanan Ağırlıksız Çift Grup Metodu ile (UPGMA) değerlendirilerek, dendogram çizilmiştir.

Xanthomonas vesicatoria is a major pathogen of tomato (Solanum lycopersicum) and pepper (Capsicum spp.). Bacterial spot caused by Xanthomonas vesicatoria is one of the most important diseases in the Eastern Mediterranean Region of Turkey in recent years. The disease causes considerable crop looses in areas of warmer and humid climate. It is necessary to genetic typing of the plant pathogenic bacteria for detecting the source of the pathogens and defining appropriate management of disease. There are various marker systems to analyse and define the bacteria genomes. ISSR-PCR is one of the efficiently used technique for genetic typing among bacterial species.In this study, first 29 samples of Xanthomonas vesicatoria isolates from tomato and pepper in Turkey and U.S.A have identified in the presence of 517 bp fragment of rhs gene by using XCVF and XCVR primers. In addition, genetic typing of the 29 isolates aimed by using five different ISSR primers. Of the total 57 amplification products, %100 were found to be polymorphic. All the data were employed to construct dendograms using an unweighted pair-group method with arithmetical averages(UPGMA).