Şalgam suyundan izole edilen laktik asit bakterilerinin 16S rRNA ile tanımlanması ve bazı gelişme parametrelerinin belirlenmesi

Abstract

Tezde, şalgam suyundan izole edilen ve fenolik dekarboksilaz enzimine sahip olduğu saptanan 6 adet izolat (GK1, GK3, GK5, GK11, GK12, GK13) 16S rRNA gen bölgesi dizi analizi ile moleküler olarak tanımlanmıştır. Suşların farklı NaCl konsantrasyonlarındaki, farklı pH ve sıcaklıklardaki gelişmeleri incelenmiş ve optimum koşullardaki gelişme eğrileri saptanmış olup, herbirinin antimikrobiyel aktivite özellikleri araştırılmıştır. API 50CHL ve 16S rRNA gen bölgesi dizi analizi ile tanımlama sonuçlarına göre GK12 ve GK13 izolatları Lactobacillus plantarum'dur. GK1 izolatı API 50CHL ile tanımlanamazken, 16S rRNA gen bölgesi dizi analizi sonucuna göre Lactobacillus plantarum olduğu saptanmıştır. GK3 izolatının API 50CHL ile Leuconostoc mesenteroides/dextranicum 2 olduğu, buna karşın 16S rRNA gen bölgesi dizi analizinde ise Lactobacillus plantarum suşu olduğu anlaşılmıştır. Denemelerde, GK5; API 50CHL testinde Leuconostoc mesenteroides/dextranicum 2, Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü'nde yapılan moleküler tanımlama sonucunda Pediococcus acidilactici, ODTÜ Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi'nde yapılan moleküler testinde ise Pediococcus pentosaceus olarak tanımlanmıştır. GK11, API 50CHL ve Biyoteknoloji Enstitüsü'nde tanımlanamazken ODTÜ'de yapılan testte, izolatın Lactobacillus plantarum olduğu sonucuna varılmıştır. Bu çalışmada moleküler tanımlama sonuçlarına göre; GK1, GK3, GK12 ve GK13 suşlarının birbiri ile tür bazında benzer olduğu anlaşılmıştır. GK12 ve GK13 30 ˚C' de, diğerleri ise 37,5˚C'de optimum gelişme göstermiştir. Suşların 2; 3; 3,5; 4; 5 pH'lardaki gelişmeleri incelendiğinde, aralarında benzerlik olduğu, pH yükseldikçe gelişmenin arttığı anlaşılmıştır. Hepsinde maksimum gelişme pH 5'de görülmüştür. Suşların, %1; 1,5; 2; 2,5 NaCl konsantrasyonlarındaki gelişmeleri farklılık göstermiştir. L. monocytogenes ATCC 7644, S. aureus ATCC 10832 ve Lb. plantarum ATCC 14917'e karşı suşların antimikrobiyel aktivite göstermediği anlaşılmıştır.

In this thesis, 6 isolates (GK1, GK3, GK5, GK11, GK12, GK13) isolated from turnip juice and determined to have phenolic dicarboxylate were identified by 16S rRNA gene sequencing. Growth of the strains in different NaCl concentrations, pH and temperature values were researched and growth curves in optimum conditions were determined, antimicrobial activities of each strain were also investigated. According to the identification by API 50CHL and 16S rRNA gene sequencing analysis, GK12 and GK13 isolates are Lactobacillus plantarum. GK1 isolate was found to be Lactobacillus plantarum by 16S rRNA gene sequencing. analysis whereas it could not be identified by API 50 CHL. GK3 isolate was concluded to be Leuconostoc mesenteroides/dextranicum 2 by API 50CHL while it was identified as Lactobacillus plantarum by 16S rRNA gene sequencing analysis. GK5 was identified as Leuconostoc mesenteroides/dextranicum 2 by API 50CHL test, Pediococcus acidilactici by molecular identification performed in Ankara University Biotechnology Institute and Pediococcus pentosaceus by molecular test carried out in METU Molecular Biology and Biotechnology R&D Center. GK11 could not be identified by API 50 CHL and by tests in Biotechnology Institute whereas it was found to be Lactobacillus plantarum in METU. According to the molecular identification results in this study GK1, GK3, GK12 and GK13 strains are proved to be similar at species level. Optimum growth was observed at 30 ˚C for GK12 and GK13, and at 37 ˚C for the other isolates. When the growth of strains at 2; 3; 3,5; 4; 5 pH values are researched, it was seen that all strains resemble each other; growth increases with pH. Maximum growth was observed at pH 5 for all of them. The growth of strains in 1; 1,5; 2; 2,5 % NaCl concentrations differentiated. Strains did not show any antimicrobial activity against L. monocytogenes ATCC 7644, S. aureus ATCC 10832 and Lb. plantarum ATCC 14917.