Pseudomonas ve pseudomonas ilişkili bazı genusların fenotipik ve moleküler karakterizasyonu

Abstract

II PSEUDOMONAS VE PSEUDOMONAS İLİŞKİLİ BAZI GENUSLARIN FENOTİPİK VE MOLEKÜLER KARAKTERİZAS YONU (Yüksek Lisans Tezi) CEYLAN Özgür MUĞLA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ Haziran, 2003 ÖZET Çalışmada, Muğla Üniversitesi Kültür Koleksiyonundan Pseudomonas ve Pseudomonas genusu ile ilişkili bazı genuslara ait olabileceği önidentifikasyon testleriyle ortaya çıkarılmış olan 40 adet bakterinin, yapılan identifikasyon çalışmaları sonucu 28 adedi Pseudomonas ve Pseudomonas genusu ile ilişkili bazı genuslara ait türler olarak belirlenmiş ve bu suşların fenotipik ve moleküler karakterizasyonu yapılmıştır. Bu bakterilerin tür identifikasyonlan, API 20 NE test kitlen ve ek bazı biyokimyasal testlerle yapılmıştır. İdentifikasyon sonuçlarına göre 11 adet Stenotrophomonas maltophilia, 5 adet Chryseomonas luteola, 4 adet Pseudomonas fluorescens, 3 adet Pseudomonas putida, 2 adet Sphingomonas paucimobilis, 2 adet Methylobacterium mesophüicum ve 1 adet Pseudomonas stutzeri tespit edilmiştir. Bu suşların enzimatik aktiviteleri, API ZYM enzim test kitlen ile saptanmıştır. SuşlarınIll esteraz ve lösin arilamidaz enzimlerini ürettikleri, p -glukuronidaz, a-mannosidaz ve a-fukosidaz enzimlerini ise üretmedikleri tespit edilmiştir. Lipaz enzimini üreten tek suş S.maltophilia MU63 olarak tespit edilmiştir. Suşlarm antibiyotiklere duyarlılıkları disk difüzyon metodu ile tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar NCCLS (National Committee for Clinic Labaratory Standarts, M 100-S9) standartlarına göre değerlendirilmiştir. Suşlarm tamamı penisilin, ampisilin, sefaletin, seftriakson ve aztreonam antibiyotiklerine dirençli bulunmuştur. S.maltophilia MU64 çalışmada kullanılan tüm antibiyotiklere dirençli bulunmuştur. Aminoglikozid grubu antibiyotikler, çalışmada kullanılan Pseudomonas genusuna ait türlerin tamamına karşı etkili bulunmuşlardır. Ayrıca antibiyotiklerin büyük bir kısmına karşı dirençli olarak tespit edilen S.maltophilia suşlanna karşı en yüksek etkiyi bu suşlarm % 63.7'sine etkili bulunan trimetoprim- sulfâmetaksazol antibiyotiği göstermiştir. Suşlarm ağır metallere karşı dirençlilikleri agar dilüsyon metodu ile belirlenmiştir. Suşlarm tamamı çinkoya dirençli bulunmuştur. M.mesophiliçum suşlanmn ağır metallere karşı yüksek bir toleransa sahip olduğu görülmüştür. Ayrıca Mmesophilicum suşlan dışındaki tüm suşlarm kobalt, civa ve gümüşe duyarlı oldukları saptanmıştır. Kurşun sadece S.paucimobilis MU 67 susu için toksik olarak tespit edilmiştir. Suşlarm plazmid DNA profilleri bot alkalin lizis metodu ile çıkarılmıştır. Elde edilen profillere göre sadece 5 adet susun plazmid İçerdiği ve bu plazmidlerin moleküler ağırlıklarının 0.89 - 21.59 kb arasında olduğu saptanmıştır. Plazmid içeren 5 sustan 3'ü S.maltophilia türüne ait suşlar olup S.maltophilia MU 52 susunun 0.89, 2.35, 5.71, 6.24 ve 13.86 kb moleküler ağırlıklarında 5 adet, S.maltophilia MU 63 susunun 2.57 ve 6.24 kb moleküler ağırlıklarında 2 adet ve Smaltophilia MU 69 susunun 13.86 kb moleküler ağırlığında bir adet plazmid içerdiği tespit edilmiştir. Plazmid içeren diğer suşlardan, P.fluorescens MU 87 susunun 12.68 ve 21.59 kb, M.mesophilicum MU 141 susunun ise 11.61 ve 21.59 kb moleküler ağalıklarında 2 adet plazmid içerdikleri tespit edilmiştir.IV Çalışma suşlarının toplam Mere proteinleri Pot ve ark.'nın metoduna göre ekstrakte edilmiş, proteinlerin moleküler ağırlıklarına göre ayırımı SDS-PAGE tekniği ile Laemmli'ye göre yapılmışür. Çalışma suşlan kendi aralannda gruplandınlarak yürütülmüş ve protein bantlarının karşılaştırılmasına dayalı olarak SPSS programı kullanılarak dendrogramlan çıkarılmıştır. Suşlann taşıdıkîan protein bantlanna bağlı olarak tespit edilen benzerliklerin bu suşlann diğer özelliklerinde de var olup olmadığı incelenmiş ve genel olarak bu sonuçlarda paralellik tespit edilmiştir.

PHENOTYPIC AND MOLECULAR CHARACTERIZATION OF PSEUDOMONAS AND SOME PSEUDOMONAS RELATED GENERA (Ph.M.Thesis) CEYLAN Özgür MUGLA UNIVERSITY INSTITUTE OF SCIENCE AND TECHNOLOGY June, 2003 ABSTRACT In this study, 40 strains which are thought to belong to Pseudomonas and Pseudomonas related genera were taken from Mugla University Collection of Culture and 28 of these strains were identified that they belonged to Pseudomonas and Pseudomonas related genera, and fenotypical and molecular characterizations of these strains were made. These bacteria have been identified by API 20 NE test kits and additional some biochemical tests. According to the results of these tests, 11 were identified as Stenotrophomonas maltophilia, 5 Chryseomonas luteola, 4 Pseudomonas fluorescens, 3 Pseudomonas putida, 2 Sphingomonas paucimobtiis, 2 Methylobacterium mesophiticum and 1 Pseudomonas stutzerl The enzymatic activities of those strains were determined by API ZYM enzyme kits. It was found that all these strains produced esterase and leucine arylamidase and didn't produceVI P-glucuronidase, a-mannosidase and a-fucosidase enzymes. It was also determined that the only strain producing the lipase enzyme was S.maltophilia MU 63. The susceptibility level of these strains to antibiotics was identified with disc diffusion method. The results obtained were evaluated according to National Committee for Clinic Labaratory Standarts (NCCLS, M100-S9) guidelines. It was found out that all strains were resistant to penicilin, ampicillin, cephalothin, ceftriaxone and aztreonam antibiotics. S.maltophilia MU 64 was found to be resistant to the all antibiotics which were tried. Group aminoglycoside antibiotics were effective to the species belonging to Pseudomonas genera. In addition, trimethoprhn+sulphamethoxazole was effective to 63.7 % of S.maltophilia strains which are very resistant to most of the antibiotics used in this study. The heavy metal resistance level of these strains were detemined with agar dilution method. All these strains were found to be resistant to zinc. It was also observed that Mmesophilicum strains have high level of tolerance to heavy metals used in this research. Except for MmesophiUcum strains, all strains were identified that they were susceptible to cobalt, mercury and silver. It was also found out that lead was toxic for S.paucimobilis MU 67. The plasmid DNA profiles of the strains were prepared according to a previously described modification of hot alkaline lysis method. According to the profiles obtained only 5 strains were found to contain plasmid, and the molecular weights of these plasmids were observed between 0.89 - 21.59 kb. Of 5 strains containing plasmid, 3 were found to belong to S.maltophilia strains and it was also observed mat S.maliophilia MU 52 contains 5 plasmids with molecular weights of 0.89, 2.35, 5.71, 6.24 and 13.86 kb, S.maltophilia MU 63 2 plasmids with molecular weights of 2.57and 6.24 kb, S.maltophilia MU 69 1 plasmid with molecular weight of 13.86kb, respectively. The other strains of containing plasmid, P.fluorescens MU 87 contained 2 plasmids with molecular weights of 12.68 and 21.59 kb, M.mesophtiicum MU 141 contained 2 plasmids with molecular weights 11.61 and 21.59 kb, respectively.vn Whole-cell bacterial proteins of the strains studied were extracted with Pot et al. method and the classification of molecular weights of proteins was made with SDS-PAGE technique as applied by Laemmli et al. All the strains in the study were grouped and run among themselves in one-dimensional gels. Dendrograms were taken based on the comparisons of protein bands by using SPSS program. The similarities to see determined depending on the protein bands the strains possess were studied if they were available in the other characteristics of the strains and it was found out that the results obtained were compatible with the other tests in the study.