Oldukça kısa rastgele oligonükleotid primerler kullanılarak kısa DNA`nın çoğaltılması ve kimliklendirilmesi

Abstract

OLDUKÇA KISA RASTGELE OLİGONÜKLEOTİD PRİMERLER KULLANILARAK KISA DNA'NIN ÇOĞALTILMASI VE KİMLİKLENDİRİLMESİ Araş. Gör. Şenay GÖRÜCÜ Yüksek Lisans Tezi Gaziantep Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı Tez Yöneticisi: Doç. Dr. E. Ali ÇAKMAK Mayıs -2002, 81 sayfa ÖZET Mikrosatellit DNA belirleyicileri kullanılarak bireylerin kimliklendirilmesi yaş aralığı 18-30 olan 50' si erkek ve 18-32 olan 50 'si bayan olmak üzere toplam 100 bağımsız birey üzerinde yapıldı. Çalışmada, birbiri ile akraba olmayan bireylerden fenol-kloroform izolasyon yöntemiyle DNA'ları elde edildi. Kısa tekrarları içeren mikrosatellitler (dinükleotidler) kullanıldı. Bu bölgeler PCR yöntemi ile çoğaltıldı ve elde edilen DNA parçalan denatüre poliakrilamid jel elektroforezinde molekül ağırlıklarına göre ayrılarak allel frekansları yanında DNA belirleyicileri için heterozigot ve homozigot bireylerin yüzdesi hesaplandı. Sonuç olarak, akraba olmayan 100 bireyde D6S1600 DNA belirleyicisi için 38 farklı allel vardır. Heterozigotluk %93, homozigotluk %6'dır. Frekansı en yüksek bulunan allel %14 sıklıkla görülen 178 bç'lik ürüne sahiptir. D6S296 DNA belirleyicisi için 100 bireyde 38 farklı allel vardır. Heterozigotluğu %80, homozigotluğu %25'dir. Frekansı en yüksek bulunan allel %9 sıklıkla görülen 282 bç'lik ürüne sahiptir. D5S1955 DNA belirleyicisi için 100 bireyde 26 farklı allel vardır. Heterozigotluğu %84, homozigotluğu %15'dir. Frekansı en yüksek bulunan allel %12 sıklıkla görülen 202 bç'lik ürüne sahiptir. D5S496 DNA belirleyicisi için 100 bireyde 23 farklı allel vardır. Heterozigotluğu %74, homozigotluğu %25'dır. Frekansı en yüksek bulunan allel %18 sıklıkla görülen 221 bç'lik ürüne sahiptir. Bu DNA belirleyicileri kişinin genomik yapısını ortaya koyarak bireylerin birbirlerinden farklılıklarınıngösterilmesinde kullanışlıdırlar. Tamamen bireye has DNA kimliğinin ortaya çıkarılmasında da direkt olarak uygulanabilirler. Anahtar Kelimeler: DNA kimliklendirme, minisatellit, mikrosatellit, rastgele oligonükleotid primer

THE AMPLIFICATION AND IDENTIFICATION OF SHORT DNA FRAGMENTS USİNG VERY SHORT ARBITRARY OLIGONUCLEOTIDE PRIMERS Res. Asist. Şenay GÖRÜCÜ M. S. Thesis Gaziantep University-Graduate School of Health Sciences, Department of Medical Biology Supervisor: Doç. Dr. E. Ali ÇAKMAK May -2002, 81 pages ABSTRACT It is intended to determine microsatellite markers profile of genomic DNAs in Turkish population and the results from this study can be used for individual specific fingerprinting in forensic science and population studies. This study was performed on a total of 100 unreleated individuals who consisted of 50 males and 50 females, with the age range of 18 - 30 and 18-32 years respectively. Genomic DNAs were isolated from the blood of 100 unreleated individuals by phenol-chloroform extraction method. The microsatellite (or dinucleotid) repeat loci were amplified by PCR method and DNA fragments were seperated by denaturing polyacrylamide gel electrophoresis. Allele frequencies, heterozygosity and homozygosity percentage were calculated and compared with those of European population. Unreleated 100 individuals for D6S1600 DNA marker had a 38 different alleles with a 93% heterozygosity and 6% homozygosity. The highest frequency of an all el with a 178 bp size was 14%. Similarly D6S296 DNA marker had also 38 different alleles, with a 80% heterozygosity and 25% homozygosity. The highest frequency of an allel with a 282 bp size was 9%. For D5S1955 DNA marker had also 26 different alleles, with a 84% heterozygosity and 15% homozygosity. The highest frequency of an allel with a 202 bp size was 12%. For D5S496 DNA marker had also 23 different alleles, with a 74% heterozygosity and 25% homozygosity. The highest frequency of an allel with a 221 bp size was 18%. We now show that DNA markers can detect sets of iiihypervariable microsatellites to produce somatically stable DNA fingerprints which are completely specific to an inidvidual and can be applied directly to paternity conficts, forensic DNA typing and population studies. Key Words: DNA Fingerprinting, minisatellit, microsatellite, arbitrary oligonucleotid primers. IV