PINK1-AS lncrna`sının HCT 116 kolon kanseri hücre hattındaki etkisinin araştırılması

Abstract

Kanser, kalp ve damar hastalıklarından sonra dünyada görülme sıklığı en çok olan hastalıktır. Kolon kanseri dünyada en çok görülen 3. kanser türüdür. Tüm yaşlarda görülmesine rağmen % 90'nından fazlası kırk yaş ve üzerindedir. Kanser tedavisine yönelik kullanılan kemoterapik ilaçlar kanserin ilerlemesini durdurmak ve tümörü yok etmeyi amaçlamaktadır. Kullanılan bu ilaçlar tümörlü hücrelerin yok olmasını sağlarken sağlıklı hücrelerin zarar görmesine sebep olmaktadır. Yeni tedavi yöntemi olarak, hücrelerin kanserleşmesine sebep olan moleküllerin ifade seviyelerinin düzenlenmesine yönelik çalışmalar hız kazanmıştır. Tüm kanser türlerinde olduğu gibi kolon kanserinin de oluşmasında çevresel faktörlerin yanı sıra kodlamayan RNA'larında etkisi olduğu yapılan çalışmalar ile tespit edilmiştir. Kolon kanserinde PINK1 genin aşırı ifade olması ve kanserleşme sürecinde etkisi olduğu bulunmuştur.PINK1-AS geni, PINK1 geninin zıttı olup bu genin ifade sırasında düzenlenmesinde sorumlu bir uzun kodlamayan RNA'dır. İlişkilendirilmiş anti-miRNA'larla PINK1-AS genini hedefleyerek PINK1 geninin ifadesini düzenleyip kolon kanseri hücrelerinde programlı ölüm yolağının tetiklenmesini sağlamayı düşünmekteyiz. Bu amaçla kolon kanseri hücre hattına (HCT116) kültür ortamında PINK1-AS'i hedefleyen anti-miRNA'lar aktarıldı. Bu hücrelerden total RNA elde edilip, cDNA sentezi yapıldı. Eş zamanlı PCR kullanılarak PINK1-AS, PINK1 ve PTEN gen ifade düzeylerine bakıldı. miRNA aktarımı yapılan HCT116 hücre soyunun apoptozis düzeyini belirlemek için akım sitometri kullanıldı. Yapılan çalışmada elde edilen bulgulara göre, ilişkilendirilmiş miRNA'lara maruz bırakılan hücrelerde PINK1-AS, PINK1 ve PTEN gen ifade seviyelerinde negatif kontrol miRNA'a göre anlamlı bir değişim gözlenmemiştir. Programlı ölüme giden hücre sayısıyla canlı hücre sayısı oranları kıyaslandığında anlamlı bir değişim gözlenmemiştir. Sonuç olarak; PINK gen ifadesinin susturulması için PINK1-AS genini hedefleyen farklı moleküller tespit edilerek, kolon kanserinde tedaviye yönelik yeni çalışmalar yapılabilir.

Cancer is the most frequent disease in the world ranking after heart and vascular disease. Colon cancer is the third most seen among all cancers. Although colon cancer is seen in all age groups, more than 90% of patients are forty years old and over. Most of chemotherapeutic drugs aim to inhibit the progression of cancer and to irradicate the tumor. Chemotherapeutic agents kill cancer cells, while at the same time causing damage to normal cells. As a new approach for the treatment of cancer, new perspect is gaining importance that targets the expression level of molecules responsible for cancer. Environmental factors as well as non coding RNAs are responsible for the cause of colon cancer. In colon cancer, gene expression level of PINK1 is found to be highest and is responsible for cancer progression. PINK1-AS is an antisense long non coding RNA opposite to PINK1 and is responsible for its gene regulation. We are of the opinion that miRNAs targeting PINK1-AS regulates the gene expression of PINK1 in colon cancers triggering the apoptosis. Therefore, colon cancer cell line (HCT116) was transfected using anti miRNAs targeting PINK1-AS in cell culture. cDNA was converted from the total RNA isolated from this cell line. Gene expression levels of PINK1-AS, PINK1 and PTEN was seen using real time PCR. Apoptosis level of the transfected cell line was seen using flow cytometry. The expression data obtained from the gene expression levels of PINK1-AS, PINK1 and PTEN was not significant as compared to negative control miRNA. The apoptosis level was also not significant when analysed. As a result, in order to silence PINK1, other molecules targeting PINK1-AS gene should be found out for the treatment of colon cancer.