Nokta mutasyonlarının saptanmasında yüksek çözünürlüklü erime tekniğinin verim ve hassasiyetinin değerlendirilmesi

Abstract

Mutasyon DNA dizisinde meydana gelen kalıcı değişimdir. DNA'daki sekans varyasyonlarının saptanması hem kalıtımsal hem de genetik hastalıkların teşhisinde büyük önem taşır. Mutasyonların tarama ve saptanması amacıyla birçok yöntem geliştirilmiştir. Bunlardan biri de HRM'dir (Yüksek Çözünürlüklü Erime). HRM, amplifiye edilen DNA örneklerinin sıcaklık artışıyla birlikte çift zincirli DNA'dan tek zincirli DNA'ya dönüşümündeki ayrılma davranışının karakterize edilmesi esasına dayanır. Mutasyon tarama ve saptanmasında en güvenilir tekniklerden biri olarak öne çıkan DHPLC ise HRM'ye benzer şekilde amplifiye edilmiş DNA fragmentinin erime profilinin olası bir mutasyon varlığında değişimini kromatografik olarak tespit etmektedir.Bu çalışmada HRM ve DHPLC'nin nokta mutasyonlarını saptamadaki verim ve hassasiyeti değerlendirilmiştir. Bu amaçla MEFV (E148Q, M680I, M694V, V726A), Faktör V (1691G>A) ve Protrombin (20210G>A) genleri ile çalışılmıştır.Çalışmamız HRM'nin nokta mutasyonlarının tespitinde en az DHPLC kadar hassas ve güvenilir bir yöntem olmasının yanı sıra işlem hacmi, süre ve maliyet açısından da DHPLC'den daha verimli olduğunu ortaya koymuştur.

Mutations are defined as permanent changes in DNA sequence. The detection of sequence variation in DNA is very important in the diagnosis of both genetic and hereditary diseases. Multiple methods have been developed for mutation detection. One of them is HRM (High Resolution Melting). HRM is based on the characterization of DNA samples based on their melting profile through their transition from double strand DNA to single strand DNA.DHPLC, one of the most reliable techniques in the detection of point mutations, detects changes in melting profile of amplified DNA fragment in the presence of a heterozygote.In this study, we evaluated the efficiency and sensitivity of HRM and DHPLC in the detection of point mutations. For this purpose, we studied with MEFV (E148Q, M680I, M694V, V726A) Factor V (1691G>A) and Prothrombin (20210G>A) genes.Our study showed that HRM is as sensitive and reliable as DHPLC in the detection of point mutations, also HRM was found to be more efficient than DHPLC in terms of throughput, time and cost.