Gen susturulmasında plazimit-siRNA ve lentivirüs-siRNA temelli sistemlerin etkinliklerinin karşılaştırılması

Abstract

Memeli genlerinin kalıcı ve stabil olarak susturulmasında endojen siRNA eksprese eden vektörlerin kullanımı yaygınlaşmaktadır. Genlerin fonksiyonlarını öğrenmek ve hastalıklarla ilişkili genlerin hastalıktaki rollerini belirlemek için uygun siRNA ekspresyon sisteminin belirlenmesi önemlidir. Bu çalışmada siRNA eksprese eden lentivirüs pFIV-H1/U6 ve plazmit pPK-H1 vektör sistemlerinin hedef MDK geninin memeli kültür hücre hatlarında ekspresyon seviyeleri üzerindeki etkinlikleri revers-transkriptaz PZR tekniği kullanılarak analiz edilmiş ve karşılaştırılmıştır. Analizler sonucunda lentivirüs sisteminin hedef gen üzerinde etkisinin olmadığı buna rağmen plazmit vektörün etkin bir şekilde hedef geni susturduğu belirlenmiştir.

Use of vectors expressing endogenously siRNAs that allows permanent and stable silencing of mammalian genes is becoming widespread. It is essential to determine appropriate siRNA expression system to understand the functions of genes and determine their roles associated with diseases. In this study, efficacies of siRNA expressing lentivirus pFIV-H1/U6 and plasmid pPK-H1 vectors systems on target gene MDK expression levels in cultured mammalian cell lines is analyzed and compared by reverse-transcriptase PCR assay. As a result of analysis it has been determined that lentivirus system has no effect on the target gene expression nevertheless the plasmid system effectively silenced the target gene.