Gastrointestinal stromal tümörlerdeki (GIST) KIT ve PDGFRA mutasyonlarının hastaların patolojik ve klinik prognostik parametreler ile ilişkilendirilmesi

Abstract

Bu çalışmada, gastrointestinal kanalın en sık gözlenen mezenkimal tümörleri olan Gastrointestinal stromal tümörlerin (GIST), Türkiye GIST veri tabanında yer alan vakalar kapsamında mutasyon profillerini inceleyerek, ülkemize ait mutasyon profilinin ortaya çıkarılması ve mutasyonlarla klinik prognostik parametreleri ve hedeflenmiş tedavi yanıtları ile ilişkilerinin araştırılması amaçlanmıştır.Bu amaca yönelik olarak tümörlere ait parafin bloklardan DNA elde edilerek, KIT geninin 9,11,13 ve PDGFRA geninin ise 12,14,18 numaralı ekzonları Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemiyle çoğaltılmış ve sonrasında dizi analizi yöntemiyle mutasyon varlığı yönünden incelenmiştir.Çalışma sonucunda elde edilen mutasyon sonuçlarına göre, gözlenen mutasyon tipleri ve bunların görülme sıklıklarının, daha önce literatürde tespit edilmiş sonuçlar ile uyumlu olduğu gözlenmiştir. Ayrıca PDGFRA geninin 18. ekzonunda daha önce tanımlanmamış R817P mutasyonu saptanmıştır.Anahtar kelimeler: GIST,C-KIT, PDGFRA, CD117, Mutasyon

Gastrointestinal stromal tumors are the most common mesenchymal tumors in the gastrointestinal tract. Our aim in this study was to examine the mutation profile of Turkish GIST cases registered in the Turkish GIST database whose pathological and clinical prognostic parameters have been documented. We also wanted to examine the relationship between the mutation status and targeted therapy (imatinib) response for Gastrointestinal stromal tumors (GIST).For this aim, exons 9,11,13 for KIT and 12,14,18 for PDGFRA genes, by using the DNA extracted from formalin fixed parafine embedded tumor tissue sections were used. Related exons of the genes were amplified by polimerase chain reaction (PCR) and then analyzed for mutation status by using sequence analysis.In conclusion, the observed mutation types and their frequency are in accordance with the former results reported by other groups. In addition, R817P missense mutation that hasn?t been reported before, was observed in PDGFRA gene within exon 18.Key words: GIST,C-KIT, PDGFRA, CD117, Mutation