Klinik örneklerden izole edilen Staphylococcus aureus suşlarından elde edilen bakteriyofajlarda bulunan SCIN, CHIPS, SEI, SEK toksin genlerinin varlığının PZR ve southern blot yöntemi ile kıyaslanması

Abstract

Bakteriyofajlar, taşıdıkları toksin genleri sayesinde bakterilere farklı fenotipik özellikler kazandırırlar. Bu özelliklerin tespit edilmesi ve araştırılması, mikrobiyal biyoteknoloji çalışmaları açısından önemlidir. Bu amaçla çeşitli moleküler yöntemler geliştirilmiştir. Staphylococcus aureus, hastane ve toplum kaynaklı enfeksiyonlara sebep olan en önemli patojenlerden biridir. Bu çalışmada, S. aureus suşlarından elde edilen fajlarda bulunan SCIN, CHIPS, SEI, SEK toksin genlerinin varlığı PZR ile tespit edilmiştir. Southern Blot hibridizasyon yöntemi ile bu toksin genlerinin varlığı doğrulanmıştır. Bu iki yöntem duyarlılık ve özgüllük açısından karşılaştırılmıştır. Son yıllarda bulunan bu toksin genleri ile ilgili az sayıda çalışma bulunmaktadır. Analizler sonucunda; PZR yönteminde daha az konsantrasyonda DNA'ya ihtiyaç duyulurken, Southern Blot hibridizasyon yönteminde daha fazla konsantrasyonda DNA'ya ihtiyaç olduğu görülmüştür. PZR ve Southern Blot Hibridizasyon yöntemlerinin özgüllük açısından benzer olduğu tespit edilmiştir.

Bacteriophages provide different phenotypic features for bacteria with toxin genes. The detection and investigation of these features are important for studies of microbial biotechnology. For these purpose, several molecular methods have been developed. Staphylococcus aureus is one of the most important pathogen which is caused infection by community and nasocomial. In this study, presence of toxin genes including SCIN, CHIPS, SEI, SEK in bacteriophages obtained from S. aureus strains were detected by PCR. Presence of this toxin genes were confirmed by Southern Blot hybridization method. This methods were compared for sensitivity and specificity. There are few studies about these toxin genes. According to our results, while PCR method need less concentration of DNA, Southern Blot hybridization method needs more concentration of DNA. Southern Blot hybridization and PCR analysis have similar specificities.