Türkiye`deki ekonomik öneme sahip su ürünlerinin DNA barkodlarının çıkarılması

Abstract

Bu çalışmada Türkiye iç su ve denizlerinde dağılım gösteren ve ekonomik öneme sahip 114 sucul canlının genetik karakterizasyonlarının gerçekleştirilmesinde DNA barkodlama yönteminden yararlanılmıştır. Çalışma kapsamında DNA barkodlamada kullanılacak doku örneğinin seçimi ve uygulanan saklama koşullarının DNA miktar ve kalitesine etkisi de araştırılmış, DNA barkodlamanın tür içi ve türler arası genetik uzaklıkların ortaya çıkarılmasındaki etkinliği analiz edilmiş, ortaya çıkarılan bu genetik uzaklıklar kullanılarak oluşturulan evrimsel ilişki ağaçlarının çiziminde kullanılan model ve yöntemlerin sonuca etkisi detaylı bir şekilde değerlendirilmiştir.Çalışma sonucunda Türkiye iç su ve denizlerinden örneklenen; 4 şube, 7 sınıf, 30 takım ve 58 familyadan toplam 114 ekonomik öneme sahip sucul türe ilişkin 654 baz çifti uzunluğunda DNA barkodları oluşturulmuş ve uluslararası veri tabanlarına ülkemizden ilk DNA barkod kayıtları olarak girişleri yapılmıştır. Farklı veri setleri (Actinopterygii, Arthropoda, Chondrichthyes, Cnidaria ve Mollusca) üzerinden yapılan değerlendirmeler sonucunda türlerin tamamının özgün bir DNA barkod dizisine sahip olduğu belirlenmiş ve DNA barkodlarının türlerin, tür içi ve türler arası genetik karakterizasyonunda etkili bir araç olduğu sonucuna varılmıştır.

In this study, DNA barcoding was used in genetic characterization of 114 commercially important aquatic species found in Turkish fresh water and marine environments. Effects of tissue sampling and storage conditions on DNA quantity and quality, efficiency of DNA barcoding approach in determination of intraspecific and interspecific genetic distance and effects of choosing proper model and method in construction of evolutionary relationship trees to results were evaluated comprehensively within the context of this study. 654 base pair long DNA barcodes were generated for 114 commercially important aquatic species belonging to 4 phyla, 7 classes, 30 orders and 58 families from Turkish fresh water and marine environment and submitted to international data bases as first DNA barcode records from Turkey.After analyzing separate data sets (Actinopterygii, Arthropoda, Chondrichthyes, Cnidaria and Mollusca), all of the species were characterized with a unique DNA barcode sequence and DNA barcoding approach was evaluated as an effective molecular tool in characterization of intraspecific and interspecific relationship among these species.