Sporadik kolorektal kanser ile ilişkilendirilmiş aday tekli nükleotit polimorfizmlerinin Türk popülasyonu için değerlendirilmesi

Abstract

Kanser, günümüzde tüm dünya ve Türkiye çapında yaygın olarak görülen, çeşitli genetik, epigenetik ve çevresel faktörlerin etkisi ile ortaya çıkan ve ölüme sebep olan bir hastalıktır. Kolorektal kanserin (KRK) görülme sıklığı Türkiye genelinde üçüncü, erkeklerde üçüncü ve kadınlarda ise ikinci sırada yer almaktadır. Kolorektal kanser içerisinde ise sporadik kolorektal kanser %70-80 oranına sahiptir. Genom boyu asosiyasyon çalışmaları (GBAÇ), kompleks hastalıkların ortaya çıkmasında rol oynayan genetik bileşenlerin belirlenmesi için kullanılan bir yöntemdir. Bu tez çalışmasında, Avrupa popülasyonlarında geniş örneklemler üzerinde yürütülmüş GBAÇ'larda KRK ile yüksek istatistiki güç ve anlamlılık ile ilişkilendirilmiş olan TNP'lerin (Tekli Nükleotit Polimorfizmleri) Türk popülasyonda da sporadik KRK ile ilişkili olup olmadığının ortaya çıkarılması hedeflenmiştir. Bu kapsamda olduğu belirlenen 9 TNP 1019 sporadik kolorektal kanser hastası ve 948 kontrolden oluşan örneklem için Kompetitive Allele Specific PCR (KASP) teknolojisi ile değerlendirilmiştir. Tez çalışması sonucunda, 7 TNP (rs1321311, rs4939827, rs16892766, rs3802842, rs10795668, rs4444235 ve rs961253) Türk toplumu için sırası ile 2x10-4, 7x10-3, 1x10-4, 4x10-3, 1,79x10-4, 1,62x10-4, 8x10-4 p değerleri ile anlamlı bulunmuştur. Bu tez çalışması ile Avrupa popülasyonlarında sporadik kolorektal kanser ile ilişkilendirilmiş TNP'lerin bir kısmının Türk toplumu için valide olduğu ilk kez gösterilmiştir.

Cancer, a disease caused by the effects of various genetic, epigenetic and environmental factors, is widespread all over the world and Turkey today. Colorectal cancer (CRC) is the third most seen cancer in Turkey. It is the third most seen cancer in males and second in females. 70-80% of CRC cases are known to be sporadic.Genome wide association studies are used to identify genetic components that play a role in the emergence of complex diseases. Nine SNPs (Single Nucleotide Polymophizms) are selected among SNPs previously shown to be associated with CRC with high statistical significance in European population. The association between CRC and these 9 SNPs were analysed on 1019 sporadic colorectal cancer patients and 948 controls from Turkish population.As a result of the thesis study, 7 SNPs (rs1321311, rs4939827, rs16892766, rs3802842, rs10795668, rs4444235 ve rs961253) were found to be associated with CRC (p=2x10-4, 7x10-3, 1x10-4, 4x10-3, 1,79x10-4, 1,62x10-4, 8x10-4, respectively) for Turkish population. In this study SNPs associated with sporadic CRC in European population have been validated for the Turkish population for the first time.