Batı Akdeniz bölgesinde domates bakteriyel benek hastalığına sebep olan Pseudomonas syringae pv.Tomato izolatlarının elde edilmesi, PCR ile tanıları ve plazmid profillerinin belirlenmesi

Abstract

ÖZET BATI AKDENİZ BÖLGESİNDE DOMATES BAKTERIYEL BENEK HASTALIĞINA SEBEP OLAN Pseudomonas syringae pv. tomato İZOLATLARININ ELDE EDİLMESİ, PCR İLE TANILARI VE PLAZMİD PROFİLLERİNİN BELİRLENMESİ DURMUŞ DENİZ Yüksek Lisans Tezi, Bitki Koruma Anabilim Dalı Danışman: Prof. Dr. Hüseyin BASIM Mayıs 2006, 57 sayfa Batı Akdeniz Bölgesi'nde domates bitkisinde ciddi ekonomik kayıplara yol açan ve domates bakteriyel benek hastalığına sebep olan Pseudomonas syringae pv. tomato' nun izolatları elde edilmiş, PCR yöntemiyle kesin tanıları yapılmış, izolalların bakıra dayanıklılıkları test edilmiş ve plazmid profilleri saptanmış olup bu profillerle bakıra dayanıklılık arasındaki ilişkiler ortaya konmuştur. Batı Akdeniz Bölgesinde domates yetiştiriciliği bakımından önemli bir potansiyele sahip olan Antalya ili ve çevresine (Aksu, Serik, Alanya, Kumluca ve Hasyurt'ta) yapılan sörveylerle bakteriyel benek hastalığı simptomları gösteren domates bitki materyalleri toplanmıştır. Bakterilerin izolasyonlarında King's B besi ortamı kullanılmış ve 27 C de 3-5 gün inkübasyona bırakılarak bakteriyel koloniler elde edilmiştir. Hastalık etmeni bakterilerin tanısı, Nutrient Sakkaroz Agar (NSA) ortamında levan oluşumu, oksidaz testi, patates testi, arginini dihidrolaz testi ve tütünde hypersensitif reaksiyon testini içeren LOPAT testleri yapılarak belirlenmiştir. Biyokimyasal testlerle tanısı yapılan hastalık etmenlerinin patojenisite testleri, sağlıklı domates bitkileri kullanılarak yapılmıştır. Pseudomonas syringae pv. tomato izolatlarının kesin tanıları P i ve P II primerleri, kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemiyle tespit edilmiştir.Pseudomonas syringae pv. tomato izolatlarının bakıra dayanıklılıkları 0, 5, 10, 1 5. 20. 25. 30, 35. 40. 45, 50. 55, 60. 65. 70, 75, 100, 125, 150, 175, 200 ve 225 ug/ml dozlarında bakır sülfat ve bakıroksiklorür içeren CYE, MGY, NA kültür besi ortamlarında saptanmıştır. Pseudomonas syringae pv. tomato izolatlarının plazmid profilleri; izole edilen plazmidlerin elektroforezde yürütülmesi ve U.V. ışıkla görüntülenmesiyle elde edilmiştir. Saptanan profiller, izolatların bakıra dayanıklılıklarıyla ilişkilendirilmiştir. ANAHTAR KELİMELER: Domates, Domates Bakteriyel Benek Hastalığı, Pseudomonas syringae pv. tomato, Bakır Dayanıklılığı, Plazmid Profili, PCR JÜRİ Prof. Dr. Hüseyin BASIM ( Danışman ).....çfc<£>«S-*«-~v.Prof. Dr. Oktay YEĞEN?APl','ff^T Prof. Dr Hatice ÖZAKTANi

ABSTRACT OBTAINING, IDENTIFICATION by PCR and DETERMINATION of PLASMID PFORILES of Pseudomonas syringae pv. tomato ISOLATES, CAUSAL AGENT OF TOMATO BACTERIAL SPECK DISEASE IN WESTERN MEDITERRANEAN REGION DURMUŞ DENİZ M.Sc. in Plant Protection May 2006, 57 Pages Adviser: Prof. Hüseyin BASIM Pseudomonas syringae pv. tomato isolates, causal agents of tomato bacterial speck disease causing serious economical yield losses on tomato, an important agricultural product in Western Mediterranean Region were obtained and the certain identification of the isolates was done by PCR. Copper resistance of the isolates was tested and the interaction between copper resistance and plasmid profiles was determined. Tomato plant materials showing pith necrosis symptoms were collected by surveying to Antalya province and surrounding counties (Aksu, Serik, Alanya, Kumluca and Hasyurt) having an important potential in terms of tomato production in Western Mediterrenean Region. King's B culture medium was used for the isolation of the bacterial isolates from the infected plant materials, and the bacterial colonies were obtained by incubating at 27 C for 3-4 days. The identification of the bacteria was done by performing LOPA T tests including levan occurrence on NSA medium, oxidase test, potato test, arginine dihydrolase test and hypersensitive reaction test on tobacco plant. Pathogenicity tests were done by using healthy tomato plants.Polymerase Chain Reaction (PCR) method using primers. P I and P II done lor certain identification of Pseudomonas syringae pv. tomato isolates. Resistance to copper of Pseudomonas syringae pv. tomato isolates was obtained from different culture media that contain various concentrations (0. 5, 10, 15, 20, 25. 30, 35, 40. 45, 50, 55, 60, 65. 70. 75, 100. 125. 150. 175, 200 and 225 ug/ml ) of two different copper formulations. Plasmid profiles of the isolates were determined b> standart gel electrophoresis of isolated plasmids. I he i teraction between plasmid profile and copper resistance was determined. KE/ WORDS: Tomato. Toman Bacterial Speck Disease, Pseudomonas syringae pv. tomato (upper Resistance, Plasmid Profile. PCR COMMITTEE: Prof. Dr. Hüseyin BASIM ( Adviser ). 5^fb-> p^^y^ 1 _ Prof Dr. Oktay YE?EN,.^^...../rtü / Prof Dr Hatice UZAKTAN