Molecular characterization of cattle and sheep hydatid cyst samples obtained from slaughter houses in Elazığ

Abstract

Echinococcosis, Dünya Sağlık Örgütü tarafından dünyadaki on yedi ihmal edilmiş tropikal hastalıktan biri olarak kabul edilen, Echinococcus cinsinin cestod türlerinin neden olduğu ve her yıl önemli ekonomik ve tıbbi kayıplardan sorumlu, hayatı tehdit eden zoonotik bir enfeksiyondur. Echinococcus spp'nin genetik varyasyonlarını incelemek için farklı moleküler teknikler kullanılmış, Echinococcus spp'nin genotiplenmesi için farklı nükleer ve mitokondriyal bölgeler kullanılarak araştırmalar yapılmıştır. Bu çalışmanın amacı, Echinococcus spp'nin tanımlanması, moleküler analizi ve genotiplenmesidir. Elazığ'daki mezbahalardan toplanan koyun ve sığır örneklerinde 446 bp mitokondriyal sitokrom c oksidaz alt birim 1 (mt-CO1) geni çoğaltılmıştır. Neticede PZR band kalitesine göre 90 örnek seçildi ve daha sonra örnekler gen dizilimi için ticari firmaya gönderildi. Bu çalışmada 5 örneğin sekansı iki kez yapılmasına rağmen başarılı olunmadı, bu nedenle izolat türlerini tanımlamak için 85 numuneye (19 koyun, 66 sığır) sekanslama yapıldı. Sekans analizi sonucunda, 85 izolattan 84'ü E. granulosus sensu stricto olarak belirlenirken bir koyun izolatının, Türkiye'de ilk kez bildirilen E. canadensis'in G6 genotipi olduğu tespit edildi. Bununla birlikte, sadece farklı hayvan örneklerinde değil, aynı sığırlardan toplanan örneklerde de tek nükleotid polimorfizmi gözlemlendi. Sığırların ikisinde hem akciğerde hem de karaciğerde çoklu organ enfeksiyonu gözlendi. Haplotip analalizi neticesinde ise, 66 sığır izolatında E. granulosus s.s.'un16 haplotipi tespit edilmiş, 19 koyun örneğinde 8 haplotip belirlenmiştir.

Echinococcosis is a life threatening zoonotic infection, recognized as seventeen neglected tropical diseases in the world by WHO, caused by the immature worms of cestodes species of genus Echinococcus and is responsible for significant economic as well as medical losses each year. Different molecular techniques have been used to study the genetic variations of Echinococcus spp, investigations have been made using different nuclear as well as mitochondrial regions for genotyping of the Echioncoccus spp. The purpose of this study is the identification, molecular analysis and genotyping of the Echinococcus spp. in sheep and cattle samples collected from slaughterhouses of Elazig, Turkey by using 446 bp of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 (mt-CO1) gene. 90 samples have been selected on the basis of cyst quality and PCR band quality and the samples were then sent for gene sequencing. 5 samples were not sequenced properly so alignment has been performed on 85 samples (19 sheep, 66 cattle) to identify the species of isolates. Out of 85 isolates, 84 were recognized as E. granulosus sensu stricto and one sheep isolate was found to be G6 genotype of E. canadensis which is reported for the first time in Turkey. However single nucleotide polymorphism has been observed in not only samples of different animals but also in samples collected from same cattle. Multiple organ infection has been observed in two of the cattle both in lungs and liver. As a result of haplotype analysis, 16 haplotypes of E. granulosus s.s. have been detected in 66 cattle isolates whereas 8 haplotypes were identified in 19 sheep samples.