Antalya`da örtüaltı hıyar, kabak ve kavun yetiştiriciliğinde bazı sarılık virüsleri üzerinde araştırmalar

Abstract

Bu çalışma Antalya ili ve ilçelerindeki yoğun olarak üretimi yapılan örtüaltı hıyar, kabak ve kavun üretim alanlarında son yıllarda yaygın olarak görülen ve özellikle besin noksanlığı ile karıştırılan sarılık virüslerini tanılamak amacıyla yürütülmüştür.Örtüaltı üretim alanlarına 2015-2016 yıllarında yapılan surveyler sırasında, özellikle alt yapraklarda klorotik köşeli noktalar, damarlar arası alanlarda klorotikleşme, kalın ve kırılgan görünümlü yapraklar, damarlarda renk açılması ve sararma şeklinde şiddetli ve yaygın sarılık belirtileri gözlenmiştir.Bu nedenle yörede sarılık simptomuna neden olan Kabakgil afidle taşınan sarılık virüsü (Cucurbit aphid-borne yellow virus, CABYV), Kabakgil klorotik sarılık virüsü (Cucurbit chlorotic yellows virus, CCYV) ve Kabakgilsarıbodurlukbozukluğuvirüsü (Cucurbit yellow stunting disorder virus, CYSDV) 'nün varlığı serolojik ve moleküler yöntemlerle belirlenmiştir.Sarılık belirtileri gözlenen hıyar, kabak ve kavun bitkilerinden toplanan 460 şüpheli bitki örneğinin %89'ununbu üç viral etmenin en az biri ile bulaşık olduğu DAS-ELISA ve TAS-ELISA testleri ile saptanmıştır.ELISA testleri ile tanılanan CABYV, CCYV ve CYSDV ile tek enfeksiyon verdiği belirlenen örneklerin tanısı Ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile doğrulanmıştır.CABYV ve CCYV'ün tanısında kılıf protein (CP) gen bölgesi, CYSDV için ise ısı şok protein gen bölgesi (Hsp70)'den elde edilmiş olan primerler RT-PCR çalışmalarında kullanılmış ve her üç virüs için beklenen seviyelerde bant elde edilmiştir.CABYV ve CCYV için protein kılıf, CYSDV için ise ısı şok protein gen bölgesine ait DNA dizilimlerini belirlemek için RT-PCR ürünleri kullanılmıştır.Elde edilen DNA dizilimleri dünyanın farklı üretim bölgelerinden elde edilen ve Gen Bankasında kayıtlı olan CP ve Hsp70 genleriyle karşılaştırmış ve izolatların birbirleriyle ve diğer dünya izolatlarıyla benzerlik oranları ve filogenetik ilişkileri ortaya konmuştur.CABYV izolatları ile gen bankası veri tabanında bulunan CABYV izolatlarının kılıf protein gen bölgeleri arasında %96-100, CCYV izolatlarının kılıf protein gen bölgeleri arasında % 91-95 oranında benzerlik bulunmuştur. CYSDV izolatlarının hsp70h gen dizilimleri arasında % 91-100 arasında benzerlik bulunmuştur. CABYV izolatı MK129536, CYSDV izolatı MK129537, CCYV izolatı ise MK129538 kabul numarası ile gen bankasına kaydedilmiştir.

This study was carried out in order to diagnose yellowing viruses which are common in recent years and mixed with nutrient deficiency intensively cultivated cucumber, squash and melon production areas in Antalya province and its districts.During the surveys carried out in 2015-2016 in the production areas, severe and widespread yellowing symptoms were observed, especially chlorotic spots in the old leaves, chloroticisation in the interatomic areas, leaves with thick and fragile appearance, color opening in the veins and yellowing.For this reason, the presence of Kabakgil aphid-borne virus (Cucurbit aphid-borne yellow virus, CABYV), Cucurbit chlorotic yellows virus (CCYV) and Cucurbit yellow stunting disorder virus (CYSDV) was determined by serological and molecular methods.89% of 460 suspected plant species which collected from cucumber, squash and melon plants were contamined with at least one of these three viral agents, were determined by DAS-ELISA and TAS-ELISA tests.The species identified by ELISA tests as single infection with CABYV, CCYV and CYSDV were confirmed by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR).The coat protein (CP) gene region was used for the diagnosis of CABYV and CCYV and the primers obtained from the heat shock protein gene region (Hsp70) for CYSDV were used in RT-PCR studies and the expected levels of band were obtained for all three viruses.RT-PCR products were used to determine the coat protein gene for CABYV and CCYV and the DNA sequences of the heat shock protein gene region for CYSDV.The DNA sequences obtained were compared with the CP and Hsp70 genes obtained from the different production regions of the world and registered in the GenBank, and the similarities and phylogenetic relationships of the isolates with each other and with other world isolates were revealed.CABYV isolates that found in the gene bank database were found to have similarities between the coat protein gene regions of the CABYV isolates is %96-100, and between 91-95% of the coat protein gene regions of the CCYV isolates. There was a 91-100% similarity between the hsp70h gene sequences of CYSDV isolates. CABYV, CCYV and CYSDV isolates were registered to gene bank with accession number of respectively MK129536, MK12953, MK129538.