Molecular analysis of hematological malignancies

Abstract

ÖZET Hematolojik Kanserlerde Moleküler Analiz Z. Buket YILMAZ Yüksek Lisans Tezi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Tez Danışmanı: Doç. Dr. Tayfun Özçelik Ağustos 1998, 140 sayfa Hematolojik kanserlerde normal hematopoezin zarara uğradığı bilinmektedir. Araştırmalardaki gelişmelere paralel olarak aralarında allojenik kemik iliği transplantasyonunun en etkili olduğu, birçok tedavi tekniği uygulamaya girmiştir. Bu tür tedavi alan hastalarda, DNA polimorfizmlerinin kullanıldığı dolaylı analiz yöntemleriyle tespit edilebilecek değişik kimerizm durumları görülmektedir. MRD (minimal residüel hastalık), standart analiz yöntemleriyle tespit edilebilecek seviyenin altındaki lösemi hücrelerinin varlığını ifade etmektedir. MRD analizi, transplantasyon hastalarında özel bir önem kazanmıştır. Değişik kan kanserlerinde kromozomlar arası parça değişimleriyle ortaya çıkan fuzyon transkriptlerinin analizi, MRD tespitindeki doğrudan ve en etkili yöntemdir. Bu yöntem, prognostik özelliğinin yanı sıra, herhangi bir tedavi almamış hastalar için diagnostik açıdan da önem taşımaktadır. Bu tezin amacı, hematolojik kanser hastalarında diagnostik ve prognostik amaçlı olarak PCR (polimeraz zincir reaksiyonu) yöntemine dayalı testlerin geliştirilmesidir. Bu amaca yönelik olarak, STR ve VNTR polimorfizmlerinin amplifikasyonu, bunu takiben poliakrilamid jel elektroforezi ve gümüş boyama yöntemleriyle 22 alıcı-verici çiftindeki kimerizm durumu değerlendirildi. Buna ek olarak, RT-PCR yöntemiyle t (9;22) (q34;qll), t (8;21) (q22;q22), t (15;17) (q22;q21), inv 16 (pl3;q22), t (4;11) (q21;q23) ve t (1;19) (q23;p23) kromozomlar arası parça değişimleri sonucu ortaya çıkan fuzyon transkriptlerinin analizi için, 44 akut ve kronik lösemi hastası incelendi. iv

ABSTRACT Molecular Analyses of Hematological Malignancies Z. Buket YILMAZ M.Sc. in Molecular Biology and Genetics Supervisor: Assoc. Prof. Dr. Tayfun Özçelik August 1998, 140 pages Normal hematopoiesis is known to be disrupted in hematological malignancies. As research advances, many new treatment techniques are introduced, among which allogeneic transplantation is the most effective. In patients who undergo such treatment, different hematopoietic chimeric states may result which can be detected by indirect analyses using DNA polymorphisms. MRD (minimal residual disease) describes leukemia cells present at a level below that is detectable by conventional means. The detection of MRD has gained special significance in transplantation patients. The detection of fusion transcripts that are generated by chromosomal rearrangements in various hematological malignancies is the direct and the most powerful approach for the detection of MRD. It not only has a prognostic significance but also has a diagnostic importance for patients who have not taken any treatment. The aim of this thesis is the development of PCR-based tests for the diagnosis and monitoring of patients with different hematological malignancies. Therefore the chimerism status of 22 recipient-donor pairs have been evaluated by PCR amplification of STR and VNTR polymorphisms followed by polyacrylamide gel electrophoresis and silver staining. In addition, 44 patients with acute and chronic leukemias have been analyzed for the detection of fusion transcripts generated by t (9;22) (q34;qll), t (8;21) (q22;q22), t (15;17) (q22;q21), inv 16 (pl3;q22), t (4;11) (q21;q23), and t (1;19) (q23;p23) chromosomal rearrangements with RT-PCR. in