DNA analizlerine yönelik elektrokimyasal genosensörünün tasarımı ve uygulamaları

Abstract

66 ÖZET Çalışmamızda Mitomycin-C (MC) ve Lycorine (LYC) gibi bazı antikanser ilaçların DNA ile etkileşmesi, elektrokimyasal yöntemlerle; katı fazda, karbon pastası elektrodu (CPE) ve kalem grafit elektrot (PGE) kullanılarak incelendi. Bu maddelerin çift sarmal DNA (dsDNA) ve/veya polinükleotit ile etkileşmesi, diferansiyel puis voltametri (DPV) tekniği ile incelendi. Deneysel parametrelerdeki farklılık (incelenen madde veya ilaç konsantrasyonu, DNA konsantrasyonu, madde-DNA etkileşme süresi) DPV tekniğiyle ölçüm yapılarak incelendi; ayrıca tayin sınırı ve tekrarlanabildik parametreleri de incelendi. Değişik konsantrasyonlardaki LYC'in hem katı fazda, hem de çözelti fazında dsDNA ve/veya polinükleotit ile etkileşmesi sonucunda, guanin ve adeninin yükseltgenme sinyaline dayalı yanıtta bir azalma görüldü. Bu değişim, DNA'nın elektroaktif bazları olan guanin ve adenine ait yükseltgenebilen grupların kısmen hasar görmesi şeklinde yorumlanabilir. MC'nin dsDNA ile etkileşiminde, hem DNA' nın elektroaktif bazları olan guanin ve adeninin yükseltgenme sinyallerinde, hem de MC'nin yükseltgenme sinyalinde bir azalma gözlendi. MC'nin elektrot yüzeyinde DNA ile etkileşmesi sonrasında yanıtta gözlenen bu azalma, MC'nin DNA'nın çift sarmal yapısını bozabileceği şeklinde yorumlanabilir.

67 SUMMARY In this study, the interaction of DNA at the electrode surface in solid state with some DNA targetted compounds; Mitomycine-C (MC) and Lycorine (LYC), was studied electrochemically by using carbon paste electrode (CPE) and pencil graphite electrode (PGE). The interaction of these compounds with double stranded DNA (dsDNA) and/or polynucleotide was studied by using the differential pulse voltammetry (DPV). The differences in the experimental parameters (the concentration of the studied compound or drug, the concentration of DNA, the interaction time of compound with DNA) were studied by measurements using DPV technique. Moreover, the detection limit and the reproducibility were determined. As a result of the interaction of LYC in different concentrations with dsDNA and/or polynucleotide, a decrease was observed in the response based on the signal of guanine and adenine. This phenomenon could be explained by giving a damage to the oxidizable groups of electroactive bases; guanine and adenine. In the interaction of MC with dsDNA, a decrease was observed both in the oxidation signals of guanine, adenine and also MC. The decrease observed in the response after interaction of MC with DNA at the electrode surface could be explained as being due to the possible damage of MC to the double helix form of DNA.