Show simple item record

dc.contributor.advisorKocatürk, Özgür
dc.contributor.advisorGökdel, Yiğit Dağhan
dc.contributor.authorGökdağ, Yunus Engin
dc.date.accessioned2020-12-23T10:37:35Z
dc.date.available2020-12-23T10:37:35Z
dc.date.submitted2016
dc.date.issued2018-08-06
dc.identifier.urihttps://acikbilim.yok.gov.tr/handle/20.500.12812/327169
dc.description.abstractLazer taramalı konfokal mikroskobu (LTKM) lazer ışını ile biyolojik canlı dokuların gerçek zamanlı ve non-invaziv incelemesini sağlayan gelişmekte olan bir optik görüntüleme cihazıdır. LTKM örnek dokuların optik kesitlemesini sağlar. Alınan görüntüler odak düzleminin altından veya üstünden geri yansıyan odak dışı ışınlardan kaynaklı çeşitli seviyelerde gürültüye maruz kalır. Bu çalışmada LTKM optik düzeneğinin kurulumu yapılmış ve birtakım görüntüler elde edilmiştir. Gerçek LTKM görüntüleri kullanılarak farklı gürültü giderimi ve kontrast iyileştirimi tekniklerinin etkileri, farklı görüntü kalite ölçüleri altında incelenmiştir. Gürültü modeli olarak eklenebilir beyaz Gauss gürültüsü (EBGG) kullanılmıştır. EBGG'nin standart sapmasının tek bir görüntüyü kullanarak kestirilmesinde güvenilir bir yöntem gerçek LTKM görüntülerinde kullanılmıştır. Ters dönüşümde sağladığı enerji korunumundan dolayı dalgacık dönüşümü gürültü gideriminde en etkili adaydır. LTKM'de uygulanmak üzere bir gürültü giderimi algoritması geliştirilmiştir. Algoritmada kullanılan parametre bileşenlerinin seçimi iki boyutlu ayrık dalgacık dönüşümünün (2B-ADD) performansını etkileyen önemli bir husustur. Bu çalışmada kullanılan 2B-ADD bileşenlerinin ve uyarlanan parametrelerin farklı kombinasyonlarının etkileri, farklı görüntü kalite değerlendirmeleri altında incelenmiştir. Deney Tasarımı (DT), bu en iyi parametre kombinasyonlarını bulmak için sistematik bir yaklaşım olarak sunulmuştur. Varyans analizi (VA) ile işleme alınan parametrelerin temel etkisi ve etkile¸sim etkileri incelenmiştir. Hesaplama sonuçları önerilen algoritmanın ve LTKM görüntü gürültülerinin giderilmesinde kullanılan düzenli yaklaşımın etkinliğini ortaya koymuştur. Gürültü gideriminden sonra kontrast iyileştirimi amacıyla çeşitli histogram eşitleme teknikleri uygulanmıştır. Farklı nicel ölçümler vasıtasıyla daha iyi iyileştirme sonucunu veren yöntemlerin karşılaştırılması yapılmıştır.
dc.description.abstractConfocal laser scanning microscopy (CLSM) is a developing optical imaging device enabling non-invasive examination of live biological tissues with laser light in realtime. CLSM provides optical sectioning of samples. Image can get corrupted with noise of different levels due to out-of-focus light back-scattered above and below the focal plane. Construction of the CLSM setup is established and several images are captured. This work attempts to analyze the effects of different denoising and contrast enhancement techniques by using real CLSM images with the help of different image quality metrics. Additive white Gaussian noise (AWGN) is used as a noise model. A reliable method for estimating the standard deviation of AWGN in a single image is also performed on real CLSM images. Wavelet transform is the most effective candidate for noise suppression since it is capableof preserving energy conservation during inverse transformation. A denoising algorithm is developed to make it applicable on CLSM. An important issue that affects the performance of 2D-DWT is the selection of components employed in the algorithm along with their parameter selection. This study examines the effect of employing different combinations of 2D-DWT components and tuning parameter values on different image quality assessments. Design of Experiments (DOE) is presented as a systematic approach to catch the best combination of these parameter values. Analysis of variance (ANOVA) is used to inspect the main effect and interaction effects of the treated parameters. Computational results verified the efficacy of the proposed algorithm and the methodical approach for the image denoising of CLSM images. After denoising, several histogram equalization methods are put into practice for contrast enhancement. The comparison of methods that give better enhancement result is provided with the means of different quantative measures for better visualization.en_US
dc.languageEnglish
dc.language.isoen
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rightsAttribution 4.0 United Statestr_TR
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.subjectElektrik ve Elektronik Mühendisliğitr_TR
dc.subjectElectrical and Electronics Engineeringen_US
dc.subjectMühendislik Bilimleritr_TR
dc.subjectEngineering Sciencesen_US
dc.titleImage denoising and image enhancement on the applications of confocal laser scanning microscopy
dc.title.alternativeLazer taramalı konfokal mikroskop uygulamalarında görüntü gürültüsünün giderimi ve görüntü iyileştirimi
dc.typemasterThesis
dc.date.updated2018-08-06
dc.contributor.departmentBiyomedikal Mühendisliği Anabilim Dalı
dc.subject.ytmNoise estimation
dc.subject.ytmGrayscale image
dc.subject.ytmImage quality
dc.subject.ytmExperimental design
dc.subject.ytmImage denoising
dc.subject.ytmDigital image processing
dc.subject.ytmImage enhancement
dc.subject.ytmMedical imaging
dc.subject.ytmCell imaging
dc.subject.ytmSignal-noise rate
dc.identifier.yokid10120907
dc.publisher.instituteBiyo-Medikal Mühendislik Enstitüsü
dc.publisher.universityBOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ
dc.identifier.thesisid437986
dc.description.pages113
dc.publisher.disciplineDiğer


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

info:eu-repo/semantics/openAccess
Except where otherwise noted, this item's license is described as info:eu-repo/semantics/openAccess