Sepsis etkenlerinin saptanmasında, kültür yöntemine göre real ?time PZR ( polimeraz zincir reaksiyon)?nin tanı değerinin araştırılması

Abstract

ÖZETSEPSİS ETKENLERİNİN SAPTANMASINDA, KÜLTÜR YÖNTEMİNE GÖREREAL ?TİME PZR( POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYON)?NİN TANIDEĞERİNİN ARAŞTIRILMASIÖZLEM ÖGÜÇ ŞANLIUZMANLIK TEZİKONYA-2013Amaç: Sepsis etkenlerinin saptanmasında, kültür yöntemine göre Real?time PZR(Polimeraz zincir reaksiyon)?nin tanı değerinin kıyaslanarak araştırılmasıdır.Yönetim: Çalışma Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi HastanesiMikrobiyoloji Laboratuvarı?na sepsis ön tanısıyla takip edilen hastaların gönderilen kanörnekleri ile prospektif olarak yapıldı. Kasım 2012-Mart 2013 tarihleri arasında kankültürü istenen hastalardan eş zamanlı olarak sepsis paneli çalışılarak sonuçlarıdeğerlendirildi. Belirtilen süre içerisinde çalışmaya 100 hastaya ait örnek alındı. Kankültürü BacT-Alert (Biomerieux) tam otomatik kan kültürü sistemine alındı. Bakterilerintanımlanmasında Vitek2 (Biomerieux) tam otomatik bakteri tanımlama sistemi kullanıldı.Moleküler olarak bakteriyel DNA varlığı multiplex real-time PZR (LightCyler SeptiFast,Roche Diagnostics, Mannheim, Germany) ile hazır bir kit kullanarak araştırıldı.Bulgular: Sonuçta çalışmamızda Real-time PZR yönteminin kan kültürüne göreduyarlılığı (sensivite) %44,7, özgüllüğü (spesifite) %77, pozitif prediktif değeri (PPV)%53,1 negatif prediktif değeri (NPV) %75 olarak tespit edilmiştir.Sonuç: Moleküler testler hızlı ve duyarlı sonuç alınabilen testler olmasına rağmen,antimikrobiyal direnç verilerinin sağlanamaması, PZR analizi kapsamında olan hedefpatojen sayısının sınırlılığına bağlı olarak ve maliyetinin yüksek olmasından dolayıyöntemin kullanılabilirliği sınırlanmaktadır. Sonuç olarak, konvansiyonel ve moleküleryöntemler beraber uygulandığında, hızlı ve uygun antimikrobiyal tedavi sağlanarak,antibiyotik direncinde azalma ve daha iyi klinik yanıt elde edilecektir.Anahtar kelimeler: Sepsis, kan kültürü, real-time PCR, tanı

ABSTRACTRESEARCH ON DIAGNOSTIC VALUE OF REAL-TIME PCR (POLYMERASECHAIN REACTION) IN COMPARISON WITH CULTURE METHOD TODETECT AGENTS FOR SEPSISÖZLEM ÖGÜÇ ŞANLIKONYA-2013Objective: To search diagnostic value of Real-time PCR (Polymerase chain reaction) incomparison with culture method to detect agents for sepsis.Method: The study was carried out with samples which have been sent to MicrobiologyLaboratory of Necmettin Erbakan University, Meram Faculty of Medicine prospectively.Sepsis panel was studied from the patients whom blood culture has been ordered betweenNovember, 2012 and March, 2013 simultaneously and results were assessed. Samplesbelonging to 100 patients were included into the study within specified period. Bloodculture was taken into BacT-Alert (Biomerieux) full automated blood culture system.Vitek2 (biomerieux) full automated bacteria identification system was used to identify thebacteria. Presence of bacterial DNA molecularly was analyzed by using a ready-to-use kitwith multiplex real-time PCR (LightCyler SeptiFast, Roche Diagnostics, Mannheim,Germany).Findings: In our study, sensitivity of Real-time PCR method was detected as 44,7%,specificity was detected as 77%, positive predictive value (PPV) was detected as 53.1%,negative predictive value (NPV) was detected as 75% when compared with blood culture.Result: Although molecular tests are rapid and sensitive results may be obtained by these,they would not replace with conventional blood culture due to lack of antimicrobialresistance data, limitation of number of target pathogens and high costs. Therefore, whencombined with blood culture, molecular analysis will provide an urgent and appropriateantimicrobial treatment, decrease antibiotic resistance and cause better patient outcomes.Key Words: Sepsis, blood culture, real-time PCR, diagnosis