Prostat kanseri ile ilişkili genlerin yeni nesil dizileme yöntemi ile incelenmesi: Biyoinformatik araçlar ve veritabanları

Abstract

Prostat kanseri, yüksek mortalite ve morbidite ile ilişkili yaygın bir hastalıktır.Yüksek insidansa rağmen hastalığın oluşumundaki moleküler ve genetik olaylartam olarak aydınlatılamamıştır. Yeni nesil dizileme, kanserin molekülerpatogenezi hakkında yeni bilgiler sunmaktadır. Çalışmamızda, literatürdeprostat kanseri ile ilişkilendirilmiş genlerden bir panel oluşturup, tüm ekzon,ekzon-intron bağlantı noktaları taranarak; SNP, mutasyon, küçük insersiyon vedelesyonların biyoinformatik veritabanları yardımı ile anlamlandırılmasıhedeflenmiştir.Bu amaç doğrultusunda; prostat kanseri tanısı almış 21 olgu çalışmaya dahiledilmiş olup, hastalık ile ilişkilendirilen 39 genin tüm ekzon bölgeleri ve ekzonintronbağlantı noktaları prob tabanlı kit kullanılarak yeni nesil dizilemeplatformu Illumina MiSeq ile dizilenmiştir. Saptanan yeni mutasyonlar Sangerdizileme yöntemi ile doğrulanmıştır. Elde edilen veriler elektronik veritabanlarıkullanılarak değerlendirilmiştir.Yapılan çoklu gen paneli dizilemesi sonucunda; AR (c.1174C>T), AR(c.1406_1420del), BRIP1 (c.139C>G), ELAC2 (c.1621G>A), FANCA (c.2574C>G)genlerinde Clinvar veritabanı girdilerine göre patojenik mutasyon; APC(c.497C>G), APC (c.3887C>A), BRCA2 (c.2918C>G), CHEK2 (c.722-10T>C),FANCA (c.1638A>C), ITGA6 (c.182+11_182+15delAGACCinsGGACT) genlerindeise yeni mutasyonlar tespit edilmiştir. Ayrıca klinik önemi bilinmeyen (VUS) veveritabanlarında çok düşük frekansa sahip olan varyantlar da tespit edilmiştir.Elde ettiğimiz bulgular; Türk toplumunda prostat kanserinin genetikpatogenezinin anlaşılmasında, mutasyon sıklıklarının belirlenmesinde, genotipfenotipkorelasyonlarının ortaya konulmasında önemli rol oynamaktadır.

Prostate cancer is a common disease associated with high mortality andmorbidity. Despite the high incidence, the molecular and genetic phenomena ofthe disease have not been fully elucidated. Next generation sequencing providesnew information about the molecular pathogenesis of cancer. In our study, bycreating a panel of genes associated with prostate cancer in the literature, allexon, exon-intron junctions were scanned; SNP, mutation, small insertions anddeletions are aimed to be interpreted with the help of bioinformatics databases.In accordance with this purpose; 21 patients diagnosed with prostate cancerwere included in the study. All exon regions and exon-intron junctions of 39genes associated with the disease were sequenced with the next generationsequencing platform `Illumina MiSeq` using a probe-based kit. The newmutations detected were confirmed by Sanger sequencing method. The dataobtained were evaluated using electronic databases.As a result of multiple gene panel sequencing; pathogenic mutation according toClinvar database entries found in AR (c.1406_1420del), AR (c.1174C>T) BRIP1(c.139C> G), ELAC2 (c.1621G> A), FANCA (c.2574C> G) genes; new mutationshave been identified in APC (c.497C> G), APC (c.3887C>A) BRCA2 (c.2918C> G),CHEK2 (c.722-10T>C), FANCA (c.1638A>C), ITGA6 (c.182+11_182+15delAGACCinsGGACT) genes. Additionally, variants with unknown clinicalsignificance (VUS) and very low frequency in the databases were also detected.Our findings; It plays an important role in understanding the geneticpathogenesis of prostate cancer in Turkish population, determining mutationfrequencies in population and revealing genotype-phenotype correlations.