Hatay ilinde Cucurbitaceae familyasına ait bitkilerde yeni tanımlanan bazı virüslerin DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleriyle saptanması ve moleküler karakterizasyonu

Abstract

Bu çalışma ile Hatay ilinde Cucurbitaceae familyasına ait bitkilerde yeni tanımlanan bazı virüslerin (cucurbit sarı bodurlaşma bozuklugu virüsü CYSDV, cucurbit klorotik sarılık virüsü CCYV, şekerpancarı yalancı sarılık virüsü BPYV) DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleriyle saptanması ve moleküler karakterizasyonlarının yapılması amaçlanmıştır.Hatay ilinde yetiştirilen kabak, hıyar ve kavun bitkilerinde virüs benzeri belirtiler gösteren toplam 90 adet örnek toplanmıştır. Gözlenen en yaygın simptomlar yapraklarda küçülme, deformasyon, yaprak kırışıklıkları, kıvrılmalar ve damar açılmalarıdır. DAS-ELISA testi sonuçlarına göre testlenen tüm örneklerde CCYC bulunamamıştır. RT-PCR analizleri sonucunda testlenen örneklerde BPYV ve CCYV bulunamamış ancak CYSDV'nin heat shock protein 70h (HSP70h) genini çoğaltan 364 bp büyüklüğünde PCR amplikasyonları 11 örnekte (9 kabak, 2 kavun) elde edilmiştir. Bu ürünlerden 10 tanesinin doğrudan iki yönlü sekans analizi sonucunda, elde edilen nükleotit dizilerinin gen bankasında kayıtlı CYSDV izolatları ile yüksek oranda (%99) benzerlik gösterdiği saptanmıştır. CYSDV izolatlarından CYSDV-48 kabak izolatının GenBankasında kayıtlı AY580974.1 İspanya hıyar izolatıyla %99 oranında benzer olduğu belirlenmiştir.

The aim of the present study was to investigate the occurrence and characterization of some new emerging viruses (cucurbit yellow stunting disorder virus CYSDV, cucurbit chlorotic yellows virüs CCYV, beet pseudo-yellows virus BPYV) in Cucurbitaceae family plants growıng in Hatay province by DAS-ELISA and RT-PCR analysis.Totaly 90 samplas showing virus-like symptoms were collected from cucumber, melon and squash plants growing in Hatay province. The most common symptoms were and observed as vein clearing, leaf rolling, crinkling, deformation and small leaves. According to DAS-ELISA results, all tested samples were found negative for CCYV. RT-PCR analysis showed that CCYV and BPYV was not detected in all tested samples but, heat shoch protein 70h (HSP70h) gene of CYSDV was succesfully amplified in 11 samples (9 squash, 2 melon) and 364 bp amplicon was obtained. Ten PCR product were directly sequenced on both strands and nucleotide sequences of isolates shared the highest sequence identity (99%) between each other. CYSDV-48 squash isolate is very similar with AY580974.1 Spain-cucumber isolate deposited in GenBank.