Ahududu ve böğürtlenlerde raspberry bushy dwarf virus (Rbdv) Türkiye izolatlarının genetik çeşitliliğinin araştırılması

Abstract

Bu çalışmada ülkemizin iki farklı bölgesinde (Marmara ve Doğu Akdeniz) farklı Rubus türlerinden elde edilen raspberry bushy dwarf virüs (RBDV) izolatlarının genetik çeşitliliğinin araştırılması ve DNA dizilerinin Gen Bankasına kayıtlı dünya izolatlarıyla kıyaslanması hedeflenmiştir. Önemli Rubus spp. yetiştiriciliği yapılan illerden Bursa'dan 230, Hatay'dan 153, Mersin'den 45, Adana'dan 37 ve Kahramanmaraş' tan 17 olmak üzere toplam 482 böğürtlen ve ahududu örneği toplanmıştır. Bu örnekler öncelikle RBDV'nin kılıf proteinini çoğaltan tanı primeri (RBDV F/ R, ) ile testlenerek illere göre enfeksiyon oranı belirlenmiştir. Mersin, Kahramanmaraş ve Adana ilinde bu virüse rastlanmazken RBDV ile enfeksiyon oranı Hatay ilinde % 13, 72, Bursa'da ise % 9,13 olarak saptanmıştır. RBDV'nin RNA3 tarafından kodlanan ve kılıf proteinini çoğaltan RBDV CPUP/ RNA1.2LO primerleri kullanılarak yapılan RT-PCR analizlerinde Hatay'da tespit edilen 21 RBDV pozitif Rubus örneğinin hiç birisinde amplifikasyon gözlenmezken Bursa Rubus örneklerinin 15 tanesinde beklenen düzeyde (1072 bp) bant elde edilmiştir. Virüsün RNA 2 tarafından kodlanan hareketlilik proteinini saptamak için MPUP/ MPLO primer çifti ile yapılan RT-PCR analizlerinde yine Hatay örneklerinin hiçbirisinde amplifikasyon gözlenmezken, 21 Bursa örneğinin 9 tanesinde beklenen düzeyde (1328 bp) bant gözlenmiştir. RBDV'nin her iki gen bölgesinin sekans analizi sonuçlarına göre Türkiye izolatlarının birbirine çok benzediği, aynı grup içerisinde yer aldığı ve en yakın homolojiyi Slovenya izolatları ile(% 93-97) gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışma sonuçları temel alınarak özellikle Hatay ili RBDV izolatlarının bilinen RBDV izolatlarından farklı olduğu belirlenmiş ve `Yeni Nesil Dizileme` yöntemi kullanılarak tüm genom analizlerinin yapılması önerilmektedir.

In this study, genetic diversity of raspberry bushy dwarf virüs (RBDV) collected from different geographical regions of Turkey (Eastern Mediterranean and Marmara regions) was studied and their sequences were compared with the world RBDV isolates deposited in GeneBank. Totally 482 blackberry and raspberry samples were collected from the important Rubus spp growing provinces such as 230 samples from Bursa, 153 samples from Hatay, 45 samples from Mersin, 37 samples from Adana and 17 samples from Kahramanmaraş. All samples were firstly tested with the detection primers of RBDV (RBDV F/ R ) and the infection rate was detected for each province. Although the infection rate of RBDV was detected as 13.72% in Hatay and 9.13% in Bursa, it was not detected at all in Mersin, Kahramanmaraş and Adana provinces. When CPUP/ RNA1.2LO primer pairs which amplify coat protein (CP) of RBDV expressed by RNA3 was used in RT-PCR analysis, expected amplification (1072 bp) was observed in 15 Bursa samples out of 21 RBDV positives while no amplification was observed in Hatay samples. MPUP/ MPLO primer pairs were used to amplify movement protein (MP) of RBDV isolates and 9 Bursa samples out of 21 were amplified as expected size (1328 bp) whereas no amplification was observed in Hatay Rubus samples. According to the sequencing results of both genes, Turkish RBDV isolates are identical, grouped together in the same clade and showed a high level of identity to Slovenian RBDV isolates (%93-97). Based on this study, it has been highly suggested that full genome analyses of Hatay-RBDV isolates should be studied by using `Next Generation Sequencing` technology.