Aydın ilinde bulunan termofilik çevrelerden izole edilen termotolerant fungusların morfolojik ve moleküler tanısı

Abstract

Aydın ilindeki termal su kaynaklarından ve kaynaklara yakın bölgelerdeki, Buharkent, Germencik, Salavatlı, Kuyucak ve İmamköy lokalitelerinden ilkbahar ve sonbahar aylarında aseptik şartlarda toprak ve su örnekleri alınmıştır. Alınan örnekler, uygun dilusyonlarda RBKA besiyerine steril koşullarda yayma ekim yöntemiyle ekilerek inkübasyona bırakılmış ve karışık kültürleriin izolatları elde edilmiştir. Karışık izolatlar PDA besiyerine üç nokta ekim yöntemiyle ekilip saflaştırılmış ve stok kültürleri yapılmıştır. Önce morfolojik tür tanısı yapılmış sonra moleküler tür tanısı yapılmış. İzole edilen funguslardan DNA izolasyonu; DNA izolasyon protokolüne göre yapılmıştır. İzole edilen DNA örneklerinden ITS gen bölgeleri PCR yöntemiyle çoğaltılmıştır. Sekanslama ile gen dizileri elde edilmiştir. Mikrofungusların sekans analizi BİOEDİT programı kullanılarak yapılmıştır. Sekans analizi yapıldıktan sonra elde edilen dizi verileri GENBANK'taki verilerle karşılaştırılmış ve türlerin moleküler tanısı yapılmıştır. Tanısı yapılan türlerin birbiriyle olan akrabalık derecesini araştırmak için MEGA programı kullanılmış ve analizi yapılmıştır. Fungusların gelişimini etkileyen toprağın içindeki organik-inorganik madde ve nem oranı dikkate alınarak örnek alım yerlerindeki toprak analizleri gerçekleştirilmiştir. Çalışmada Aspergillus, Penicillium, Mucor, Rhizopus, Trichoderma, Fusarium, Westerdykella, Talaromyces, Lichtheimia, Sarcopodium, Scedosporium ve Curvularia cinsi funguslara ait türler morfolojik ve moleküler olarak tanılanmıştır

Soil and water samples were collected in aseptic conditions in spring and autumn from the localities Buharkent, Germencik, Salavatlı, Kuyucak and İmamköy regions in Aydın province close to the thermal water sources. The samples were cultured in the appropriate dilutions on RBKA medium in sterile conditions and incubated. Isolated of mixed cultures were obtained. Mixed isolates were planted in PDA medium by three-point planting method and stock cultures were prepared. Firstly morphological diagnosis of the species was made and then molecular diagnosis of the species made to DNA isolated from fungi. Than used DNA isolation procedure. ITS gene regions was used for PCR. Gene sequences were obtained. Sequence analysis of microfungi was performed using BIOEDIT program. After the sequence analysis, obtained sequence data were compared with the data in GENBANK and the molecular diagnosis of the species was made. The MEGA program was used and analyzed to investigate the degree of affinity of the species identified. MEGA was also used to obtain genetic similarity of fungi to each other. Soil analysis at sampling sites was performed by taking into consideration the organic-inorganic matter and moisture content of the soil affecting the development of fungi. In this study, species belonging to Aspergillus, Penicillium, Mucor, Rhizopus, Trichoderma, Fusarium, Westerdykella, Talaromyces, Lichtheimia, Sarcopodium, Scedosporium and Curvularia species were determined morphologically and molecularly