Ürotelyal karsinomlarla ilişkilendirilmiş tümör baskılayıcı genlerin Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) yöntemi ile metilasyon paternlerinin belirlenmesi

Abstract

Mesane kanserlerinin yaklaşık % 10'u skuamöz hücreli karsinom ya da adenokarsinom, % 90'ından fazlası ürotelyal karsinomlardır. Ürotelyal karsinomlar, dünyadaki mesane kanserinin büyük çoğunluğunu oluşturur. Mesane kanseri çok faktörlü bir hastalıktır, bu yüzden hem çevresel hem de genetik faktörlerin hastalığın gelişiminde ve ilerlemesinde rolü vardır.Kanser gelişiminde ve ilerlemesinde epigenetik mekanizmalar önemlidir. CpG adalarının hipermetilasyonu özellikle tümör baskılayıcı genlerin transkripsiyonal sessizleşmesinde kritik rol oynar. Spesifik tümör baskılayıcı genlerin promoterlerinin DNA metilasyonu en çok çalışılan epigenetik mekanizmadır.Bu çalışmada, Metilasyon spesifik-Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MS-MLPA) yöntemi kullanılarak mesane kanserleriyle daha önceden ilişkilendirilmiş 25 tümör baskılayıcı genin promoter bölgelerinin metilasyon paternlerinin incelenmesi amaçlandı.Bu çalışmaya ürotelyal karsinomu olan 80 olgu dahil edildi. DNA metilasyon analizi formalinle fikse edilmiş parafine gömülü mesane kanseri doku örneklerinde gerçekleştirildi. DNA izolasyonunu takiben, SALSA MS-MLPA ME002-B1 tumor suppressor probemix kiti kullanılarak MS-MLPA yöntemi ile 25 tümör baskılayıcı genin promoter bölgelerinin metilasyon paternleri analiz edildi.Mesane kanseri doku örneklerinin % 75'i metile, % 25'i unmetile olarak belirlendi. Metillenmiş genler arasında en yüksek metilasyon oranı MSH6, WT1, RB1 ve CDH13 genlerinde tespit edildi. Bu dört genin metilasyon durumları ile klinikopatolojik parametreler karşılaştırıldığında aradaki farklar istatistiksel olarak anlamlı bulunmadı.Sonuç olarak, MS-MLPA yönteminin mesane kanserinin metilasyon profillerinin taranmasında kullanılabilecek, ucuz ve hızlı sonuç verebilen bir teknik olduğu görüldü. Mesane kanserinin erken tanısında MS-MLPA yönteminin rutin kullanıma geçirilmesinde daha kapsamlı araştırmalara ihtiyaç vardır.Anahtar Sözcükler: Ürotelyal karsinom, Tümör baskılayıcı genler, DNA metilasyonu, MS-MLPA

Approximately 10% of bladder cancer is squamous cell carcinoma or adenocarcinoma, more than 90% are urothelial carcinomas.Urothelial carcinomas constitute the majority of bladder cancer in the world. Bladder cancer is a multifactorial disease, so both environmental and genetic factors play arole in disease development and progression. Cancer is important epigenetic mechanisms in the development and progression. Hypermethylation of CpG islands, especially the transcriptional silencing of tumor suppressor genes plays a critical role. DNA methylation of promoters of specific tumor suppressor genes most studied epigenetic mechanism. In this study, it was aimed to analyze methylation pattern of 25 tumor suppressor genes promoter regions previously associated with bladder cancer using Methylation specific-Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MS-MLPA) technique. 80 patients with urothelial carcinoma were included in this study. The analysis of DNA methylation was performed on formalin fixed parafin embedded bladder cancer tissues sampels. After DNA isolation, methylation patterns of 25 tumor suppressor genes promoter regions with MS-MLPA technique using SALSA MS-MLPA ME002-B1 tumor suppressor probemix kit were analyzed. Methylated 75% of bladder tissue samples, unmethylated 25%. Between methylated genes were identified the highest rate of methylation in MSH6, WT1, RB1 and CDH13 genes. These four gene methylation status and clinicopathological parameters were compared, statistically significant differences were found. As a result, it was determined that MS-MLPA is a technique which can give cheap, fast and reliable results in screening methylation pattern of bladder cancer. Realising routinely used MS-MLPA technique in the early diagnosis of bladder cancer is needed more extensive research.