Simulated fMRI toolbox

Abstract

Bu tez çalışmasında, farklı fonksiyonel manyetik rezonans görüntüleme analizi metodlarını karşılaştırmak ve değerlendirmek amacıyla simule edilmiş veri yaratmak için bir simule edilmiş fMRG uygulaması geliştirilmiştir. Bu uygulama, yüksek çözünürlüklü anatomik beyin görüntülerini yükleyebilme, anatomik beyin görüntüsü ile aynı veri alanında 4 boyutlu fMRG verisi yaratabilme ve kullanıcıya blok ve uyarana bağlı deney tasarımı yaptırabilme yeteneklerine sahiptir. Tarayıcı kayması, kalp atışları, alışma ve kafa hareketleri gibi sık görülen fMR görüntüleme parazitleri 4D fMRI verisi ile birleştirildi. Uygulamaya girdi MINC 2.0 dosya formatı ile mümkündür, çıktı ise ANALYZE formatı ile sağlanır. Bu uygulamanın en büyük katkısı, fMRI analiz metodlarının değişen gürültü ve deney parametreleri altında birbirinden farklı fMRG verisi yaratarak fMRG analiz metodlarının karşılaştırılmasını kolaylaştırmasıdır.

In this thesis a simulated fMRI toolbox is developed in order to generate simulated data to compare and benchmark different functional magnetic resonance image analysis methods. This toolbox is capable of loading a high resolution anatomic brain volume, generating 4D fMRI data in the same data space with the anatomic image, and allowing the user to create block and event-related design paradigms. Common fMRI artifacts such as scanner drift, cardiac pulsation, habituation and task related or spontaneous head movement can be incorporated into the 4D fMRI data. Input to the toolbox is possible through MINC 2.0 file format, and output is provided in ANALYZE format. The major contribution of this toolbox is its facilitation of comparison of fMRI analysis methods by generating several different fMRI data under varying noise and experiment parameters.