Acquisition of liver specific parasites-bacteria-drugs-diseases-genes knowledge from MEDLINE

Abstract

MEDLINE makaleleri gibi biyomedikal literatürler, hastalık ve ilaç bilgilerini araştırmak ve izlemek için zengin kaynaklardır. Örneğin hangi ilacın belirli bir hastalık için kullanıldığı ve zaman içindeki ilaç kullanımındaki değişiklikler önemlidir ama binlerce MEDLINE makalesininin içine gömülmüştür. Bu makalelerden bilgi elde etme biyomedikal metin madenciliği tekniklerine dayalı karmaşık işlemler gerektirir. Günümüzde, parazit ve bakteri hastalıkları dünya çapında yüzlerce milyon insanı etkilemektedir ve önemli ölçüde ölüm oranına ve sosyal ve ekonomik yıkıcı sonuçlara neden olmaktadır. Dünyada birçok kontrol ve yokedici programlar vardır ve parazit ve bakterilerilere dayalı hastalıkların tedavisi için birçok ilaç geliştirilmektedir. Bu çalışmada, veri ve biyomedikal metin madenciliği tekniklerinden yararlanılarak karaciğeri etkileyen parazit ve bakteriler ve ilaçlara ait bilgi edinme tanıtılmış ve ayrıca bu parazit ve bakterilerle hastalık ve gen ilişkileri araştırılmıştır. Bu çalışma, parazit ve bakterilerin tedavisinin son dört onar yıllık dönemde aynı göründüğünü ortaya çıkarmıştır. Ayrıca bu çalışmada tanıtılan yöntemler dizisi, literatürden tıbbi bilgi elde etmek için referans model oluştırmaktadırlar.

Biomedical literature such as MEDLINE articles are rich resources for discovering and tracking disease and drug knowledge. For example, information regarding the drugs that are used with a particular disease or the changes in drug usage over time is valulable. However, this information is buried in thousands of MEDLINE articles. Acquiring knowledge from these articles requires complex processes depending on the biomedical text mining techniques. Today, parasitic and bacterial diseases affect hundreds of millions of people worldwide. They result in significant mortality and devastating social and economic consequences. There are many control and eradication programs conducted in the world. Also, many drugs are developed for diseases caused from parasites and bacteria. In this study, research was conducted of parasites (bacteria affecting the liver) and treatment drugs were tested. Also, relationships between these diseases and genes, along with parasites and bacteria were searched through data and biomedical text mining techniques. This study reveals that the treatment of parasites and bacteria seems to be stable over the last four decades. The methodology introduced in this study also presents a reference model to acquire medical knowledge from the literature.