Analysis of 3`UTR shortening events in breast cancer

Abstract

Kanser etkilenmiş olan hücrelerin kontrolsüz bir biçimde hücre bölünmesine neden olan belirli özellikler taşıyan bir grup hastalığı tanımlamak için kullanılan yaygın bir terimdir. Kanser terapisindeki gelişmelere rağmen hala günümüzde dünya çapındaki ölümlerin %10'u kanser nedenlidir. Ayrıca uzayan insan ömrü de kanser olaylarını arttırmıştır. Bu durum odağı erken tanıya ve ektili tetkiklere yöneltmiştir. Yüksek iş hacimli genomik teknolojilerindeki gelişmeler sayesinde, gen ekspresyonu profili kanser teşhisi için özgün bir yöntem olarak dikkati kazanmıştır. Bu yöntem basitçe tümörlü ve sağlıklı örneklerdeki gen expresiyonu seviyelerinin profillerinin karşılaştırılmasına dayanmaktadır. Biz ise bu teşhis tekniğine alternatif olabilecek bir teknik geliştirmek istemekteyiz. Bu noktada biz aday genlerin 3'UTR bölgesinin probe ekspresyonu ölçülmesini baz alan alternatif bir yöntem öneriyoruz Kanser olaylarında ki 3'UTR kısalmasını analiz etmek için model olarak oladığımız meme kanserine ait olan ve herkese açık durumdaki Affymetrix çiplerinin gen ekspresyon datasetleri ile sanal ortamda analizler yapıldı. Tümden düşünüldüğünde analizlerimiz 3'UTR kısalmasının meme kanserinde dikkate değer bir mekanizmasını ortaya koymuştur.Anahtar kelimeler: Microarray, 3'UTR , Alternative Polyadenylation, Differential expression, meme kanseri

Cancer is the collective term used to describe a diverse group of diseases that share certain hallmarks, which in turn enables the affected cells to sustain an uncontrolled cell growth. Despite the increasing efforts and advances in cancer therapies, cancers are still responsible for approximately 10% of all the deaths worldwide. Furthermore, the increase in the average human lifespan will further contribute to the cancer incidences. This brings the necessity to focus our efforts on early detection and effective diagnosis methods. With the advances in high-throughput genomics technologies, gene expression signatures have gained attention as a novel method in cancer diagnostics. These signatures are identified by simply comparing the expression levels of genes in tumor and control samples. Here, we propose an alternative method based on the probe expression level measurement of 3?UTR of candidate genes. We chose breast cancer as a model and performed an in silico analysis on publicly available gene expression datasets of Affymetrix chips to analyse 3?UTR shortening during breast cancer situation. Overall, our analysis suggests that shortening of 3?UTR is a significant mechanism observed in breast cancer.Keywords: Microarray, 3'UTR, Alternative Polyadenylation ,Differential expression, breast cancer.