Azerbaycan`ın farklı süt ürünlerinden probiyotik bakteri izolasyonu ve tanımlanması

Abstract

Yaptığımız çalışmada Azerbaycan'ın farklı yörelerine ait geleneksel olarakhazırlanmış 6 adet peynir ve 1 adet kesmik örneğinin mikrobiyolojik özelliklerinebakılmıştır. Örneklerden izole edilen laktik asit bakterileri (LAB) morfolojik vebiyokimyasal testlere tabi tutulmuştur. Çalışmamızda kültür bağımsız yöntemlerkapsamında mikrobiyal çeşitliliği belirlemek amacıyla toplam DNA ekstraksiyonu vefluoresan in situ hibridizasyon (FISH) deneyleri yapılmıştır. DNA ekstraksiyonu sonucuoluşan amplifikasyon ürünleri Illumina MiSeq platformu kullanılarak dizilenmiştir.Kültür bağımlı yöntem olarak 16S rRNA PCR ve plazmid DNA izolasyonu yapılmıştır.İzolatların SDS-PAGE yöntemi ile protein profilleri incelenmiştir. Rastgele seçilmişizolatların antimikrobiyal aktivite yetenekleri agar kuyu difüzyon yöntemiyle belirlenmişve en büyük aktivite gösteren 12 izolat seçilerek diğer testlere tabi tutulmuştur. İzolatlarınprobiyotik özelliklerini belirlemek için farklı sıcaklık, farklı pH ve farklı tuzkonsantrasyonlarında üreme yeteneği incelenmiştir. İzolatların antibiyotikdirençliliklerini belirlemek amacıyla Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılmış vesonuç olarak farklı antibiyotiklere karşı farklı dirençlilik gösterdikleri belirlenmiştir.İzolatların biyofilm oluşturma yeteneği Kongo Kırmızılı Agar yöntemi ile belirlenerek,seçilen 12 izolatın tümünde biyofilm oluşturma yeteneği saptanmıştır.

In this study, microbiological properties of 6 traditionally prepared cheese and 1kesmik sample of different regions of Azerbaijan were examined. The lactic acid bacteria(LAB) isolated from the samples were subjected to morphological and biochemical tests.In our study, total DNA extraction and fluorescence in situ hybridization (FISH)experiments were performed to determine microbial diversity within culture independentmethods. The amplification products resulting from DNA extraction were sequencedusing the Illumina MiSeq platform. As culture dependent method, 16S rRNA PCR andplasmid DNA were isolated. The protein profiles of the isolates were examined by SDSPAGE method. Antimicrobial activity capabilities of randomly selected isolates weredetermined by agar well diffusion method and 12 isolates with the greatest activity wereselected and subjected to other tests. To determine the probiotic properties of the isolates,reproductive ability at different temperatures, pH and salt concentrations wereinvestigated. The Kirby-Bauer disk diffusion method was used to determine the antibioticresistance of the isolates and as a result, they showed different resistance to differentantibiotics. Biofilm formation ability of isolates was determined by Congo Red Agarmethod and biofilm formation ability was determined in all 12 isolates.