Azerbaycan`ın farklı gıda örneklerinden laktik asit bakterilerinin izolasyonu ve bakteriyosin üretim yeteneklerinin araştırılması

Abstract

Bu çalışmada Azerbaycan'ın farklı illerine ait süt ürünlerinden laktik asit bakteri izolasyonu yapılmıştır. Bununla beraber örneklerde klasik yöntemle ve Tempo BioMeriux cihazıyla bakteri sayımı gerçekleştirilmiştir. İzole edilmiş laktik asit bakterileri biyokimyasal ve morfolojik olarak tanımlanmıştır. Bu bakterilerin bakteriyosin üretim yeteneklerini belirlemek için spot-on lawn ve 2 farklı agar kuyu difüzyon yöntemleri kullanılmıştır. En iyi sonuçlar MH agar üzerinde yapılan agar kuyu difüzyon yöntemiyle elde edilmiştir. Toplam 98 adet izolatın 29-da antimikrobiyal aktivite saptanmıştır. Kültür bağımlı yöntem olarak PCR ile izolatların 16S rRNA gen bölgeleri çoğaltılmış ve plazmid DNA izolasyonu yapılmıştır. Kültür bağımsız yöntem olarak örneklerin mikrobiyal çeşitliliğini belirlemek için floresan in situ hibridizasyon (FISH) deneyleri ve toplam nükleik asit ekstraksiyonu yapılmıştır. Illumina MiSeq platformu kullanılarak toplam nükleik asit ekstraktlarından16S rDNA'ya dayalı gen dizileme gerçekleştirilmiştir. SDS-PAGE yöntemi kullanılarak antimikrobiyal aktiviteye sahip olan ve olmayan bazı izolatların protein profili incelenmiştir.

In this study, lactic acid bacteria were isolated from dairy products of different regions of Azerbaijan. However, the samples were counted by classical method and Tempo BioMeriux device. Isolated lactic acid bacteria were identified as biochemical and morphological. Spot-on lawn and 2 different agar well diffusion methods were used to determine the bacteriocin production ability of these bacteria. The best results were obtained by agar well diffusion method on MH agar. Antimicrobial activity was detected in 29 of 98 isolates. As culture dependent method, 16S rRNA gene regions of the isolates were amplified and plasmid DNA was isolated. Fluorescence in situ hybridization (FISH) experiments and total nucleic acid extraction were performed to determine the microbial diversity of the samples as culture-independent methods. Gene sequencing based on 16S rDNA from total nucleic acid extracts was performed using the Illumina MiSeq platform. Using SDS-PAGE method, protein profile of some isolates with and without antimicrobial activity was investigated.