Çevre örneklerinden mikrobakteri izolasyonu ve tiplendirilmesi

Abstract

ÖZET Atipik mikobakteriler çevrede, doğada, suda, toprak ve daha bir çok çevre örneklerinde yaygın olarak bulunmaktadır ve özellikle de immün yetmezliği olan hastalarda potansiyel patojen olarak izolasyonu da gittikçe artmaktadır, pulmoner ve pulmoner olmayan pekçok infeksiyonlara sebep olmaktadırlar. Çeşitli çalışmalarda atipik mikobakterilerin insanlara çeşme sularından, deride travma sonucu toprak veya su temasından, çeşitli besinlerle oral yoldan, suda oluşan aeresolun inhalasyonundan geçtiği belirtimiştir. Ayrıca atipik mikobakteriler hücre duvarı yapılarından dolayı çoğu antibiyotiklere karşı dirençlidirler. Atipik mikobakteriler tüberküloz tedavisinde kullanılan çoğu antibiyotiklere karşı dirençlidirler ve atipik mikobakterilerin antibiyotiklere karşı dirençliliği türden türe farklılık göstermektedir. Bu nedenle, tez çalışmamızda bölgemizde çevre kaynağı olarak su, toprak ve süt örneklerinde atipik mikobakterilerin varlığını, yaygınlığını araştırmayı ve izole edilen suşların tür düzeyinde tiplendirmesini amaçladık. Çevre örneği olarak, şehir şebeke sularından, su depolarından, hastane sularından, barajdan ve çeşitli kaynak sularından toplanan su örnekleri, Adana, Tarsus ve Mersin' in çeşitli semtlerinden toplanan toprak örnekleri ve Mersin` de çiğ olarak satılan süt örnekleri incelenmiştir. Çalışmamızda su örneklerinden % 4.9 oranında ve toprak örneklerinden ise % 0.8 oranında atipik mikobakteri izole ettik. İzole edilen türlerin moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi sonucunda su örneklerinde üreyen mikobakteri türlerinin M. ehelonae ve M kansasii, toprak örneğinde üreyen mikobakteri türünün ise M. fortuitum olduğunu saptadık. Süt örneklerinden mikobakteri izole edemedik.

ABSTRACT Atypical mycobacteriae are widely found in the nature, environment, water, soil and other many habitat specimens and their isolation as potential patogens especially in the immunocompromised patients is increasing. They cause many pulmonary and non-pulmonary infections. In various studies atypical mycobacteriae was shown to pass to the humans from fountain water, skin contact with soil or water after trauma, through the oral route by ingestion of a variety of foods, inhalation of aerosol that formed from water. Atypical mycobacteriae are also resistant against the most antibibotics because of their cell wall structure. Atypical mycobacteriae are resistant against the most antibiotics that are used in the treatment of tuberculosis and the resistance of the atypical mycobacteriae against the antibiotics shows diffferences among the species. In our study we aimed the isolation of the atypical mycobacteriae from the environment specimens and to type them with molecular methods according to species because of these reasons. Water specimens that were collected from city water iines, water reservoirs, hospital water, barrage and various spring water, soil specimens that were collected from various neigbourhoods of Adana, Tarsus and Mersin, or specimens from raw milk that is on sale in Mersin were examined. In our study we isolated atypical mycobacteriae from the 4.9 % of the water specimens and 0.8 % of the soil specimens. After typing the isolated species by molecular methods we determined that the mycobacteria species which proliferate in water specimens are M. chelonae and M. kansasii, in soil specimens is M fortuitum. We couldn't isolate mycobacteriae from the milk specimens.