Çoklu ilaç dirençli mycobacterıum tuberculosıs complex suşlarınınspoligotiplendirme ve MIRU -VNTR yöntemleriyle moleküler tiplendirilmesi

Abstract

Günümüzde refah seviyesi yüksek ülkelere kontrolsüz göç hareketlerinin yaşanmasıylabirlikte Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC)'in kıtalar arası yayılma eğilimi göstermesi,TB'nin küresel bir sağlık sorunu olduğunu göstermektedir. Bu küresel sorun MTBC suşlarının,coğrafya üzerinde yayılımının klonal düzeyde yüksek ayırım gücüne sahip molekülerepidemiyolojik yöntemlerle izlenmesi ile elde edilecek verilerin kullanılmasına bağlı olarakaşılabilir. Özellikle riskli bölgelerde tüberküloz epidemiyolojisi ile ilgili spoligotiplendirme ve 15lokus Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit (MIRU)-Variable Number Tandem Repeats(VNTR) yöntemleri gibi moleküler bazlı yöntemlerin kullanıldığı birçok araştırma yapılmasınarağmen, ülkemizde MTBC'in epidemiyolojik özelliklerini tespitine yönelik çalışma sayısıyetersizdir. Bu çalışmada spoligotiplendirme ve 15 lokus MIRU-VNTR moleküler yöntemleriyleklonal düzeyde MTBC suşları tür düzeyinde tayin edilerek filogenetik ilişkilerinin irdelenmesiamaçlanmıştır.Çalışmaya Haziran 2018-Mayıs 2019 tarihleri arasında Ankara Ulusal TüberkülozReferans Laboratuvarı'na, Tüberküloz Laboratuvar Sürveyans Ağı'na üye olan merkezlerden veçeşitli yataklı hastanelerden gönderilen akciğer tüberküloz ön tanılı veya şüpheli temas öyküsüolan hasta balgam örneklerinden izole edilen 96 ÇİD-MTBC suşu dahil edilmiştir. Suşlar klonaldüzeyde tanı amacı ile spoligotiplendirme ve 15 lokus MIRU-VTR yöntemleri iledeğerlendirilmiştir.Spoligotiplendirme yöntemi ile 96 ÇİD-MTBC izolatı içerisinden 93 izolatın (%96.88) 14majör spoligofamilya (klad) kümesi içerisinde yoğunlaştığı, 2 izolatın (%2.08) ise SITVIT2 veritabanındaki suşlarla karşılaştırma sonucunda bilinen hiçbir klad altında sınıflandırılamadığı, 1izolatın (%1.04) yine SITVIT2 veri tabanındaki suşlarla karşılaştırma sonucunda atipik olarakdeğerlendirildiği görülmüştür. En yaygın olan kladın 38 (%40.86) izolat ile T1 kümesi olduğu,bunu 16 (%17.20) izolat ile Beijing kladı, 9 (%9.67) izolat ile LAM 9 ve 8 (%8.60) izolat ile LAM7TUR kladının izlediği görüldü. Bu çalışma sonunda ülkemiz genelinde T1 kladının daha yaygınolduğu görülmüştür. Yapılan diğer çalışmalardan farklı olarak LAM7-TUR kladı Beijing kladınıngörülme oranının gerisinde kalmıştır. 15 lokus MIRU-VNTR ile yaptığımız klonal tiplemede aynıkladlarda kümelenen suşların farklı lokus profiline sahip olduğunu, yani aynı klondan bulaşınolmadığını bulduk.

The fact that MDR strains of Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) tends tospread across the continents with uncontrolled migration movements to high-welfare countriesshows that TB is a global health problem. This global problem can be surpassed by using data tobe obtained through monitoring the circulation of MTBC strains on geography by molecularepidemiological methods with high discriminatory power in clonal level. Although spoligotypingrelated to epidemiology of tuberculosis and molecular based methods such as 15 locusMycobacterial Interspersed Repetitive Unit (MIRU)-Variable Number Tandem Repeats (VNTR)methods have been used especially in risky regions, number of studies on determining theepidemiological properties of MTBC is insufficient in our country. In this study, it was aimed toinvestigate the phylogenetic relationships by determining the MTBC strains at the species levelin clonal level by spoligotyping and 15 loci MIRU-VNTR molecular methods.The study included 96 MDR-MTBC strains isolated from sputum samples of patients withpre-diagnosed or suspected contact history of pulmonary tuberculosis those sent from centersand several hospitals that are members of Tuberculosis Laboratory Surveillance Network toAnkara National Tuberculosis Reference Laboratory between June 2018 and May 2019. Strainswere evaluated by spoligotyping and 15 loci MIRU-VTR methods for diagnosis at clonal level.Spoligotyping method revealed that 93 (96.88%) of 96 isolates were concentrated in 14major spoligofamily (clad) clusters, 2 isolates (2.08%) were found to be classified under noknown clads as a result of comparison with strains in SITVIT2 database and 1 isolate (1.04%) wasfound to be atypical in comparison with the SITVIT2 database. The most common cladding wasT1 cluster with 38 (40.86%) isolates, followed by Beijing with 16 (17.20%) isolates, LAM 9 with9 (9.67%) isolates and LAM7 TUR with 8 (8.60%) isolates. As a result of study, it was found thatT1 cladding is more common in our country. Unlike other studies, the LAM7-TUR cladding lagsbehind Beijing clad incidence rate. In our clonal typing with 15 loci MIRU-VNTR, we found thatnone of the strains had the same locus profile so they did not belong to the same clone