Kahramanmaraş`ta yetiştirilen farklı keçi ırklarında kappa-kazein genine ait CSN3 allelinin polimorfizmi

Abstract

Kappa kazein, sütün misel oluşumu ve stabilizasyonu ile işleme özellikleri için gerekli bir proteindir. Kappa kazein genotipinin peynir üretimi üzerinde önemli bir etkisinin olduğu düşünülmektedir. Bununla beraber diğer süt proteini genleriyle kıyaslandığında üzerinde çok fazla araştırma yapılmadığı bilinmektedir. Bu çalışma, Kahramanmaraş'ın Dulkadiroğlu bölgesinde yetiştirilen Kıl, Saanen, Saanen melezi, Şam, Halep ve Kilis keçilerinden kappa-kazein genine ait CSN3 allelini belirlemek, gen lokusu bakımından polimorfizmini test etmek ve allel frekanslarını değerlendirmek amacıyla yapılmıştır. Çalışmada kullanılan keçiler, yakın genetik ilişki ihtimalini minumuma indirmek için Kahramanmaraş'ın Dulkadiroğlu bölgesinin farklı noktalarından seçilmiştir. Çalışmada 11 köyden 203 farklı hayvanın kan örnekleri alınarak 6 farklı keçi ırkını temsil edecek şekilde gruplarılmıştır. Kan örneklerinin genomik DNA'ları ticari kit kullanılarak izole edilmiştir. Genomik DNA'nın konsantrasyonu ve saflığı NanoDrop ile belirlenmiştir. Konsantrasyonu yüksek ve saflık derecesi iyi olan DNA'lardan Kıl, Saanen, Saanen melezi, Şam, Halep ve Kilis keçilerini temsil edecek şekilde, PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ile kappa kazein genlerinin amplifikasyonu gerçekleştirilmiştir. PZR ürünleri agaroz jel elektroforezinde kontrol edildikten sonra polimorfizmleri belirlemek için Alw44I ve HaeIII kesim enzimleri kullanılarak RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) işlemi gerçekleştirilmiştir. RFLP ürünleri agaroz jel elektroforezinde görüntülenerek allel frekansları hesaplanmıştır.

Kappa Casein is an essential protein for the micelle formation and stabilisation of milk and also for dairy processing. It is considered that Kapa Kazein genotype has a significant effect on cheese production and compared to the other milk protein genes, it is not analaysed adequately. In this study, it is aimed to test the polymorphism in gene locus that determined Kappa-Casein and to score allel frequency in the respect of milk proteins of Saanen and Saanen crossbreed, Şam, Honamlı and Kıl goats raised in Kahramanmaraş Dulkadiroğlu region.Goats to have been studied on has been selected from different parts of Dulkadiroğlu region in Kahramanmaraş to reduce the possibility of close genetic relation. In this study, blood samples has been taken from 203 animals in 11 villages and over 50 animal farms and they are classified in all breeds. Genomic DNA has been isolated from these blood samples by using commercial kit. The concentration and purity of genomic DNA have been determined by NanoDrop. The amplification of Kappa Casein genes have been gained by PCR in a way that can represent Hair, Saanen and Saanen crossbreed, Sam Halep and Kıl goats. They have been selected from the highest concentration and purity of DNAs. PCR products have been tested in agarose gel electrophoresis. Later, The RFLP process has been carried out by using Alw44I and HaeIII cut enzymes to determine polymorphisms. RFLP products have been scanned in agarose gel electrophoresis and allel frequencies have been calculated.