Türkiye`deki bazı Ferula L. (Apiaceae) türlerinin moleküler teknikler kullanarak taksonomik olarak incelenmesi

Abstract

Bu çalışmada, Ferula cinsine ait bazı türlerde tohumların endospermlerinden elde edilen nrDNA ITS bölgeleri PCR yardımıyla çoğaltıldı; ürünlerin dizi analizi yapılarak türler arasındaki genetik benzerlik ve farklılıklar ortaya konularak aralarındaki akrabalık ilişkileri taksonomik olarak araştırıldı.nrDNA ITS çalışmalarında kullanılmak üzere bazı Ferula türlerinin sağlam ve olgun tohumlarından genomik DNA izolasyonu bir tür (Ferula szowitsiana) hariç ilk defa gerçekleştirildi. Taksonların ITS bölgeleri evrensel ITS primerleri kullanılarak PCR yoluyla çoğaltıldı. Örnekler arasında, ITS bölge uzunluğunun 692 ile 700 bç arasında değiştiği tespit edildi. Elde edilen ITS dizileri ClustalW programı yardımıyla, analiz işlemlerinde kullanılmak üzere hizalandı. Tüm örneklere ait ITS baz dizileri PAUP 4.0b.10 programı kullanılarak analiz edildi ve çalışılan Ferula türleri arasındaki akrabalık ilişkilerini gösteren hem parsimoni hem de komşu bağlantı ağacı oluşturuldu.Moleküler verilerden elde edilen sonuçlar morfolojik karakterlere dayalı sınıflandırma ile karşılaştırılmış ve çalışılan taksonlar arasındaki ilişkiler ortaya konulmaya çalışılmıştır.Bu çalışmadan elde edilen moleküler veriler ile yapılan parsimoni analizi ve komşu bağlantı analizi ağacı bu cinsin altcins ve seksiyonlar seviyesinde ayrılarak sınıflandırılmasını desteklemiştir. Ayrıca bu çalışma cinsin monofiletik olmayıp, polifiletik olabileceği hususunda ipuçları vermiştir.

In this study, nrDNA ITS regions obtained from endosperms of seeds of some species belonging to the genus Ferula, were amplified by PCR; taxonomic relationships were investigated by using genetic similarities and dissimilarities of sequence analyses of the products amongst the species.It is the first time that genomic DNA of some Ferula species were isolated from healty and mature seeds to use in nrDNA ITS studies except one species (Ferula szowitsiana). ITS regions of the taxa were amplified by PCR using universal ITS primers. It was determined that the length of ITS regions differs between 692 and 700 bp. Obtained ITS sequences were aligned by ClustalW program to use in analyses processes. ITS base sequences belonging to all samples were analysed by using PAUP 4.0b.10 program and parsimonic and neighbour joining trees were both generated to display relationships amongst Ferula species studies.The results obtained from molecular data were compared to classification based on morphologic characters and it was performed to clarify relationships amongst the taxa studied.Parsimonic and neighbour joining trees based on molecular data in this study supported the classification of this genus dividing in the level of subgenera and sections. Also the study gave clues about that this genus might be polyphyletic.