Show simple item record

dc.contributor.advisorErman, Burak
dc.contributor.authorYoğurtçu, Osman Nuri
dc.date.accessioned2020-12-08T08:10:40Z
dc.date.available2020-12-08T08:10:40Z
dc.date.submitted2008
dc.date.issued2018-08-06
dc.identifier.urihttps://acikbilim.yok.gov.tr/handle/20.500.12812/170696
dc.description.abstractTezimizde, proteinlerdeki aminoasitlerin hareketlerinin izobarik ve izotermal ortamdaki istatistiksel termodinamiği formüle edildi. Aminoasit hareketliliğini inceleyen iki elastik ağ modeli (ENM), Gaussian Ağ Modeli (GNM) ve Anisotropik Ağ Modeli'nin (ANM) temelleri bu formülasyon üzerinden incelendi, gerçeğe yakınlıkları tartışıldı. Buradan hareketle genelleştirilmiş bir elastik ağ modelinin nasıl olması gerektiği istatistiksel mekanik diliyle sunuldu. Sonuçlarımız moleküler dinamik simülasyonları ile doğrulandı. Buna ek olarak, proteinlerin, genel olarak, ana salınım ekseni ile ana yapısal ekseninin çakışık olduğu gözlemlendi ve böylelikle tümel aminoasit hareketleri ile protein geometrisi arasında bir bağlantı olduğu gösterilmiş oldu.
dc.description.abstractWe have formulated the statistical thermodynamics of residue fluctuations of native proteins at constant temperature and pressure. The underlying assumptions of the two elastic network models, the Gaussian Network Model (GNM) and the Anisotropic Network Model (ANM) are studied and their limits of validity are discussed. The statistical mechanical model adopted allows generalization of the elastic network models. We have validated our results by using trajectories obtained from extensive molecular dynamics simulations. Analysis of the trajectories shows that the principal axes of the fluctuation correlation matrix coincide with the principal axes of the radius of gyration tensor. This establishes the connection between residue fluctuations and protein geometry.en_US
dc.languageEnglish
dc.language.isoen
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.rightsAttribution 4.0 United Statestr_TR
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
dc.subjectBiyofiziktr_TR
dc.subjectBiophysicsen_US
dc.subjectPolimer Bilim ve Teknolojisitr_TR
dc.subjectPolymer Science and Technologyen_US
dc.titleStatistical thermodynamics of residue fluctuations in native proteins
dc.title.alternativeAminoasit hareketliliklerinin istatistiksel termodinamik formülasyonu
dc.typemasterThesis
dc.date.updated2018-08-06
dc.contributor.departmentHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Anabilim Dalı
dc.identifier.yokid317033
dc.publisher.instituteFen Bilimleri Enstitüsü
dc.publisher.universityKOÇ ÜNİVERSİTESİ
dc.identifier.thesisid216303
dc.description.pages57
dc.publisher.disciplineBiyofizik Bilim Dalı


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

info:eu-repo/semantics/openAccess
Except where otherwise noted, this item's license is described as info:eu-repo/semantics/openAccess